Snakemake读取config文件路径被识别为字符串的问题求助

有两种可靠的方式解决这个问题：

方法一：通过params参数中转推荐 #

在规则中先将config里的参考基因组路径定义为params变量，再在shell命令中引用，这是Snakemake中传递配置变量的标准做法，能避免直接在shell字符串中解析嵌套字典的语法问题：

rule your_rule_name:
    wildcards:
        atac_srr=...,
        rna_srr=...
    # 新增params定义
    params:
        reference=config['path']['ref_genome']
    shell:
        """
        cellranger-arc count --id={wildcards.atac_srr}_{wildcards.rna_srr} \
                             --reference={params.reference} \
                             --libraries=libraries/{wildcards.atac_srr}_{wildcards.rna_srr}_libraries.csv \
                             --localcores=48 \
                             --localmem=256
        """

方法二：修改config变量的引用语法 #

如果不想新增params，可以尝试改用点符号访问config的嵌套属性，Snakemake支持这种写法解析字典类型的config：

shell:
    """
    cellranger-arc count --id={wildcards.atac_srr}_{wildcards.rna_srr} \
                         --reference={config.path.ref_genome} \
                         --libraries=libraries/{wildcards.atac_srr}_{wildcards.rna_srr}_libraries.csv \
                         --localcores=48 \
                         --localmem=256
    """

原因说明 #

你遇到的问题是因为在shell的三重引号字符串中，Snakemake对config['path']['ref_genome']这种嵌套字典的索引写法解析优先级有冲突，导致它被当作普通字符串输出。通过params中转或者改用点符号访问，能让Snakemake正确识别并解析配置变量的值。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者user25645294