这个问题确实挺闹心的——跨系统处理Git仓库的软链接经常会碰到这类兼容问题，不过是有办法解决的，我给你梳理下具体步骤：

一、先确保Windows能支持符号链接 #

Windows默认对符号链接的支持有限，得先打开相关权限：

• 方法一：开启开发者模式（推荐）
  打开Windows设置，搜索「开发者选项」，勾选「开发人员模式」。开启后普通用户也能创建和识别符号链接，不用每次都开管理员终端。
• 方法二：用管理员权限操作
  如果不想开开发者模式，那之后所有Git命令都得用管理员身份打开的终端来运行，因为Windows默认创建/识别符号链接需要管理员权限。

二、配置Git在Windows上处理软链接 #

打开终端（用方法二的话记得开管理员终端），运行下面的命令让Git支持符号链接：

git config --global core.symlinks true

如果只想让当前仓库生效，去掉--global参数即可。

三、修复当前仓库的异常状态 #

现在你的Git状态显示软链接被删除、还有一堆未跟踪文件，得先清理再恢复：

1. 删除Windows误识别的「文件夹」
   这些所谓的「文件夹」其实是Windows把Linux软链接错误解析出来的，直接删掉就行（注意别删到原位置的真实文件！）。可以用命令：

   rm -r 你的软链接名称
   

   或者在资源管理器里手动删除这些目录。
2. 重置Git的跟踪状态
   运行下面的命令，让Git重新识别仓库里的软链接文件：

   git reset HEAD .
   

3. 检查状态
   最后运行git status，正常情况下就不会再显示软链接被删除，也不会有未跟踪文件了。

额外注意事项 #

如果你的仓库是放在Linux的网络共享驱动器上（比如SMB共享），还要确保Linux端的SMB配置支持软链接：

• 编辑Linux的smb.conf文件，确保有这两行配置（注意wide links可能有安全风险，按需开启）：

  follow symlinks = yes
  wide links = yes
  

• 重启SMB服务让配置生效。

备注：内容来源于stack exchange，提问作者Harry Zalessky