OpenMP循环使用动态数组结果与串行版本不一致问题排查

问题概述 #

• 需求：计算nmol×nmol的方阵arrayrmsd，核心逻辑是调用optimize()函数对比分子结构与arrcar[]中的结构，将数值差存入arrayrmsd[i,j]
• 并行设计：由于optimize()会修改第一个参数，为每个线程分配了独立的mol_omp数组元素，并行执行内层循环
• 异常表现：串行版本与OMP_NUM_THREADS=1的并行版本结果一致，但线程数>1时，arrayrmsd内容出现明显的、非数值近似导致的差异

补充信息 #

• arrcar数组为只读状态，不会被任何代码修改
• 使用molcpy函数完成分子结构的复制操作

更新结论 #

排查确认当前代码及OpenMP指令本身无错误，问题根源在于optimize()调用的某个子函数中存在隐蔽的数据竞争（data race）

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Carlo Nervi