RHEL 8.9环境下安装ROracle 1.3-1.1版本报错求助

环境信息 #

• R版本：4.4.1
• 操作系统：RHEL 8.9（内核4.18.0-513.24.1.el8_9.x86_64）
• Oracle客户端版本：23（含JDBC/ODBC及开发rpm包），也曾尝试19.23版本
• 已通过OCI_INC、OCI_LIB环境变量指定OCI头文件和库路径

编译错误详情 #

执行R CMD INSTALL ROracle_1.3-1.1.tar.gz时触发gcc编译错误：

* installing to library ‘/export/apps/prod/*****/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/4.4’
* installing *source* package ‘ROracle’ ...
** package ‘ROracle’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** using staged installation
configure: creating ./config.status
config.status: creating src/Makevars
** libs
using C compiler: ‘gcc (GCC) 8.5.0 20210514 (Red Hat 8.5.0-20)’
gcc -I"/usr/include/R" -DNDEBUG -I/usr/include/oracle/23/client64  -I/usr/local/include    -fpic  -O2 -g -pipe -Wall -Werror=format-security -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wp,-D_GLIBCXX_ASSERTIONS -fexceptions -fstack-protector-strong -grecord-gcc-switches -specs=/usr/lib/rpm/redhat/redhat-hardened-cc1 -specs=/usr/lib/rpm/redhat/redhat-annobin-cc1 -m64 -mtune=generic -fasynchronous-unwind-tables -fstack-clash-protection -fcf-protection  -c rodbi.c -o rodbi.o
rodbi.c: In function ‘rociDrvInit’:
rodbi.c:532:31: error: format not a string literal and no format arguments [-Werror=format-security]
     RODBI_ERROR((const char *)errMsg);                                 \
                               ^~~~~~
rodbi.c:217:15: note: in definition of macro ‘RODBI_ERROR’
         error(err)
               ^~~
rodbi.c:1221:3: note: in expansion of macro ‘RODBI_CHECK_DRV’
   RODBI_CHECK_DRV(drv, __FUNCTION__, 1, TRUE,
   ^~~~~~~~~~~~~~~
rodbi.c: In function ‘rociConInit’:
rodbi.c:552:31: error: format not a string literal and no format arguments [-Werror=format-security]
     RODBI_ERROR((const char *)errMsg);                                 \
                               ^~~~~~

问题原因 #

RHEL 8的gcc默认启用了-Werror=format-security编译选项，该选项要求error()这类格式化函数的第一个参数必须是字符串字面量，而ROracle 1.3-1.1的源码中，RODBI_ERROR宏直接传入了变量errMsg，不符合该安全编译规则，导致编译失败。

解决方法 #

方法1：临时禁用format-security警告（最简单） #

安装时通过环境变量添加编译选项，取消该警告的错误触发：

CFLAGS="-Wno-error=format-security" R CMD INSTALL ROracle_1.3-1.1.tar.gz

如果需要指定Oracle库链接选项，可补充LDFLAGS：

CFLAGS="-Wno-error=format-security" LDFLAGS="-L/usr/lib/oracle/23/client64/lib -lclntsh" R CMD INSTALL ROracle_1.3-1.1.tar.gz

方法2：修改ROracle源码（更彻底） #

1. 解压源码包并进入源码目录：

tar zxvf ROracle_1.3-1.1.tar.gz
cd ROracle/src

2. 编辑rodbi.h文件，找到RODBI_ERROR宏的定义（约217行）：
   原宏定义：

#define RODBI_ERROR(err)         \
        error(err)

修改为：

#define RODBI_ERROR(err)         \
        error("%s", err)

通过%s占位符传递变量，符合format-security的规则。
3. 返回源码根目录重新安装：

cd ..
R CMD INSTALL .

方法3：尝试预编译二进制包 #

如果Oracle官方或CRAN提供了适配RHEL8+R4.4.1的预编译ROracle包，可直接下载安装，跳过源码编译步骤。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Nikolai