Waterman-Smith-Beyer算法长序列对齐偏移问题求助

正在开发文本比对器，实现Waterman-Smith-Beyer（SWB）算法时遇到异常：短序列对齐结果正常，但长序列会整体偏移至右侧，无法匹配正确位置。

对齐示例对比 #

正确对齐结果：

HOLYWATERISABLESSING
----WATER---BLESSING

实际得到的错误结果：

HOLYWATERISABLESSING
-------WATERBLESSING

基础测试情况 #

短序列如"ABA"与"BA"、"ABA"与"AA"的对齐均符合预期。移除SWB算法的「新间隙罚分」（退化为Needleman-Wunsch算法）后，对齐恢复正常；矩阵初始化的首行首列输出符合预期。

已尝试的排查操作 #

• 调整矩阵初始化顺序
• 修改匹配得分
• 反转计分逻辑
• 调整指针矩阵

以上操作均无效，仅设置极高匹配得分时能得到预期输出，但会引发其他输入场景的错误。

问题猜测 #

推测问题出在SWB算法的「新间隙罚分」对应的得分矩阵计算环节。

补充测试结果 #

• "HOLYWATERISABLESSING"与"HOLYWATERBLESSING"对齐符合预期；
• "HOLYWATERISABLESSING"与"HOLYERISSING"仍出现右偏移；
• 为短序列添加前部匹配字符时对齐会出现多个间隙，移除尾部部分字符正常，但移除特定字符或过多尾部字符时，会再次出现整体右偏移。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者dawnandrew100