R升级至4.4.1后Tigris包报错：PROJ无法找到proj.db

近期将R从4.3.x版本升级至4.4.1后，运行以下代码出现系列报错：

mystates <- tigris::states(cb = T)
#> Warning in CPL_read_ogr(dsn, layer, query, as.character(options), quiet, : GDAL
#> Error 1: PROJ: proj_identify: Cannot find proj.db

shifted <- tigris::shift_geometry(mystates, geoid_column = "geoid")
#> Warning in CPL_read_ogr(dsn, layer, query, as.character(options), quiet, : GDAL
#> Error 1: PROJ: proj_identify: Cannot find proj.db
#> Warning in CPL_crs_from_input(x): GDAL Error 1: PROJ:
#> proj_get_authorities_from_database: Cannot find proj.db
#> Error in eval(expr, envir, enclos): crs not found: is it missing?

trnstates <- sf::st_transform(shifted, crs = "EPSG:4326")
#> Error in eval(expr, envir, enclos): object 'shifted' not found

系统与依赖信息 #

• 系统：macOS 14.5
• R版本：4.4.1
• R包版本：
  • tigris: 2.1
  • sf: 1.0.16
  • terra: 1.7.78
  • stars: 0.6.5
• Homebrew安装的依赖：
  • gdal 3.9.1
  • proj 9.4.1

解决方案 #

1. 定位PROJ数据库路径 #

在终端执行命令，获取Homebrew安装的PROJ根目录：

brew --prefix proj

输出通常为/usr/local/opt/proj（Intel芯片）或/opt/homebrew/opt/proj（Apple Silicon芯片），proj.db文件位于该路径下的share/proj目录中。

2. 配置R的PROJ环境变量 #

临时生效（当前R会话）

在R中直接执行以下代码，手动指定PROJ数据库路径：

proj_path <- system2("brew", args = "--prefix proj", stdout = TRUE)
Sys.setenv(PROJ_LIB = file.path(proj_path, "share", "proj"))

执行后重新运行报错代码验证是否解决问题。

永久生效

编辑R配置文件~/.Rprofile，添加以下代码（重启R后生效）：

if (Sys.info()["sysname"] == "Darwin") {
  proj_prefix <- system2("brew", args = "--prefix proj", stdout = TRUE)
  Sys.setenv(PROJ_LIB = file.path(proj_prefix, "share", "proj"))
}

3. 重新编译依赖R包 #

若环境变量配置后仍报错，需重新编译依赖GDAL/PROJ的R包：

install.packages(c("sf", "tigris", "terra", "stars"), type = "source")

编译过程会自动关联Homebrew安装的GDAL和PROJ版本。

4. 验证配置 #

重新安装后，执行以下命令检查GDAL/PROJ的关联状态：

sf::sf_extSoftVersion()

输出中应显示正确的PROJ、GDAL版本，且PROJ_LIB路径指向Homebrew安装的PROJ目录。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者jzadra