如何从已安装版本重建R源包?
如何从已安装版本重建R源包?
别担心,针对你这种找不到源包、只能从已安装版本恢复的情况,我整理了几个实用的方法,帮你快速找回R源码和帮助文档,甚至还原出完整的包结构。
一、优先恢复R源码(最直接的两种方法)
方法1:用基础R工具,无需额外安装包
如果你不想装新包,用基础R就能搞定:
- 先加载目标包:
library(foo) - 获取包的命名空间,导出所有函数的源码:
- 如果你只需要对外导出的函数,可以这么做:
# 获取所有导出函数名 exported_funs <- getNamespaceExports("foo") # 把这些函数的源码导出到文件 dump(exported_funs, file = "foo_exported_functions.R", envir = getNamespace("foo")) - 如果你想拿到所有函数(包括内部未导出的),可以用下面的代码:
# 获取命名空间里的所有对象 all_namespace_objs <- ls(getNamespace("foo"), all.names = TRUE) # 筛选出其中的函数 all_funs <- Filter(is.function, mget(all_namespace_objs, envir = getNamespace("foo"))) # 导出所有函数源码 dump(names(all_funs), file = "foo_all_functions.R", envir = getNamespace("foo"))
- 如果你只需要对外导出的函数,可以这么做:
方法2:用pkgload/devtools简化操作(更便捷)
如果你已经安装了devtools或者pkgload包,操作会更简单,能直接提取包内所有R源码文件的内容:
library(pkgload) # 提取包的所有R源码 source_code <- pkg_code("foo") # 写入文件保存 writeLines(source_code, "foo_full_source.R")
这个方法会直接把包内所有R脚本的内容拼接成一个文件,和原包的R目录结构里的内容一致。
二、恢复帮助文档(man目录)
已安装包的help目录里的.rdb和.rdx是编译后的帮助文件,我们可以把它们反编译成原始的.Rd格式文件:
- 先找到包的help目录路径:
help_dir <- system.file("help", package = "foo") - 读取编译后的帮助数据库:
rd_database <- tools:::fetchRdDB(file.path(help_dir, "foo.rdb")) - 生成对应的
.Rd文件:
执行完后,你就能得到和原包man目录一样的# 先创建man目录(如果不存在的话) dir.create("man", showWarnings = FALSE) # 遍历每个帮助条目,保存为Rd文件 for (entry_name in names(rd_database)) { rd_content <- as.character(rd_database[[entry_name]]) writeLines(rd_content, file.path("man", paste0(entry_name, ".Rd"))) }.Rd源文件了。
三、还原其他必要文件
剩下的DESCRIPTION、NAMESPACE、数据文件等,直接从已安装包的目录复制即可:
# 复制DESCRIPTION文件 file.copy(system.file("DESCRIPTION", package = "foo"), "./DESCRIPTION") # 复制NAMESPACE文件 file.copy(system.file("NAMESPACE", package = "foo"), "./NAMESPACE") # 复制data目录(如果有数据文件的话) data_dir <- system.file("data", package = "foo") if (dir.exists(data_dir)) { dir.create("data", showWarnings = FALSE) file.copy(list.files(data_dir, full.names = TRUE), "./data") }
这样一套操作下来,你就能重建出一个功能完整的R包源码结构了,完全满足你的需求~
备注:内容来源于stack exchange,提问作者Ben Bolker
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