ggplot绘图遇警告：忽略fun.y参数、默认用mean_se()，求解决方案

问题原因 #

你的警告来自两个新版ggplot2的语法变化：

• fun.y参数在ggplot2 3.0版本后被废弃，不再被stat="summary"识别，所以出现"Ignoring unknown parameters: fun.y"警告。
• 当你用geom_point(stat="summary")却没正确指定汇总函数时，ggplot会默认使用mean_se()，这就导致了第二个警告。

修正后的代码 #

把依赖旧参数的部分替换成新版语法，直接用stat_summary来绘制均值点，代码如下：

plot <- ggplot(data, aes(x=Site, y=ratio, colour = Site)) +
  # 用stat_summary直接指定绘制均值点，替代旧的geom_point(stat="summary")
  stat_summary(geom="point", fun=mean, size=4) +
  geom_point(size=1, alpha=.3) +
  stat_summary(fun.data=mean_se, geom="errorbar", width=.2, linewidth=0.3) +
  theme(legend.position="none")

额外说明 #

• stat_summary是ggplot2中处理数据汇总绘图的标准方式，比geom_point(stat="summary")更清晰，也更易维护。
• fun=mean直接指定要计算的均值函数，符合新版ggplot2的参数规范，不会再触发警告。
• 你之前尝试把mean_se改成mean_se()是没必要的，因为fun.data需要传入的是函数对象，而不是函数调用的结果。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者mels