如何将R语言ggcorrplot图形改为灰度配色?
解决ggcorrplot生成黑白灰度相关矩阵图的问题
问题根源
ggcorrplot生成的热图是基于连续相关系数值使用fill美学填充颜色的:
- 你用
scale_colour_grey()无效,是因为热图用的是填充色(fill)而非轮廓色(colour); - 直接用
scale_fill_grey()报错,是因为这个函数默认是给离散变量设计的刻度,而相关系数是连续数值,类型不匹配。
三种有效解决方案
方案1:用scale_fill_gradient自定义灰度渐变
直接针对连续值设置从白到黑的渐变,完全适配相关系数的范围:
ggcorrplot(mod, show.diag=FALSE, type="lower", lab=TRUE, lab_size=3, tl.cex=7) + scale_fill_gradient(low = "white", high = "black")
如果想要中间过渡更柔和,可以加midpoint=0参数(对应相关系数0的位置):
ggcorrplot(mod, show.diag=FALSE, type="lower", lab=TRUE, lab_size=3, tl.cex=7) + scale_fill_gradient(low = "white", mid = "grey50", high = "black", midpoint = 0)
方案2:用scale_fill_distiller调用内置灰度调色板
借助distiller系列函数把连续值映射到预定义的灰度色阶:
ggcorrplot(mod, show.diag=FALSE, type="lower", lab=TRUE, lab_size=3, tl.cex=7) + scale_fill_distiller(palette = "Greys", direction = 1)
direction=1表示颜色从浅灰(对应低相关系数)到深灰/黑(对应高相关系数);- 若要反转渐变方向,把
direction设为-1即可。
方案3:直接在ggcorrplot中指定灰度渐变
不用额外加scale,直接通过函数自带的colors参数定义灰度范围:
ggcorrplot(mod, show.diag=FALSE, type="lower", lab=TRUE, lab_size=3, tl.cex=7, colors = c("white", "grey50", "black"))
这个参数接受长度为3的颜色向量,分别对应负相关、零相关、正相关的颜色,直接用灰度值就能一步生成符合要求的黑白图。
内容的提问来源于stack exchange,提问作者Priszcilla Hafenscher
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