使用RDKit 2024.03.4时出现“AllChem未定义”错误的解决求助

错误原因：AllChem是RDKit的子模块，未被导入或未通过正确路径访问，导致Python无法识别该名称。

解决方法1：显式导入AllChem模块 #

在代码开头添加导入语句，有两种常用方式：

# 方式一：从rdkit包中同时导入Chem和AllChem
from rdkit import Chem, AllChem

template = Chem.MolFromSmiles('c1nccc2n1ccc2')
AllChem.Compute2DCoords(template)

或者

# 方式二：从rdkit.Chem子包导入AllChem（更贴合RDKit的模块层级）
from rdkit.Chem import Chem, AllChem

template = Chem.MolFromSmiles('c1nccc2n1ccc2')
AllChem.Compute2DCoords(template)

解决方法2：通过父模块Chem访问AllChem #

如果不想额外导入AllChem模块，可以直接通过Chem.AllChem的层级路径调用方法：

from rdkit import Chem

template = Chem.MolFromSmiles('c1nccc2n1ccc2')
Chem.AllChem.Compute2DCoords(template)

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Cheng Rachel