如何在gtsummary中调整add_q()检验数量以校正多重检验？

问题背景 #

有3个通过tbl_cross()生成的列联表，需横向合并展示。每个表格已通过add_p()添加Fisher精确检验的p值，现在需要添加多重检验校正后的q值，但遇到两个问题：

• 合并后调用add_q()会报错：Error: There is no p-value column. x$table_body must have a column called 'p.value'
• 单个表格调用add_q()时，只会基于当前表格的1个p值校正，导致q值等于p值，无法指定总检验数（本次为3）给stats::p.adjust()

解决方案思路 #

先提取所有表格的p值统一校正，再将计算好的q值手动添加到每个表格中，最后合并表格。

完整代码示例 #

library(gtsummary)

# 构造测试数据
toy_1 <- data.frame(x1 = c("A","A", "B", "B", "B", "B", "C", "A", "C", "B"),
                    x2 = c("A", "B", "A", "B", "B", "A", "C", "B", "C", "B"),
                    x3 = c("B", "A", "C", "B", "B", "B", "A", "B", "C", "A"))

toy_2 <- data.frame(x1 = c("R","R", "G", "G", "G", "G", "G", "R", "G", "G"),
                    x2 = c("R", "G", "R", "R", "G", "R", "R", "G", "G", "G"),
                    x3 = c("G", "R", "R", "R", "G", "G", "G", "G", "G", "G"))

## 1. 生成不带add_q()的表格列表，保留p值
list_out <- vector(mode = "list", length = 3)

for (i in 1:3){
  toy_combine <- data.frame(toy_1[,i], toy_2[,i])
  colnames(toy_combine) <- c("toy_1", "toy_2")
  
  tbl_toy <- tbl_cross(data = toy_combine,
                       row = toy_1, 
                       col = toy_2,
                       missing_text = "Missing") |>
    modify_header(label ~ "**toy_2**") |>
    bold_labels() |>
    add_p() # 只添加p值，暂不做校正
  
  list_out[[i]] <- tbl_toy
}

## 2. 提取所有p值并统一计算校正后的q值
all_p_values <- sapply(list_out, function(tbl) tbl$table_body$p.value)
all_q_values <- stats::p.adjust(all_p_values, method = "holm")

## 3. 给每个表格添加q值列
list_out_with_q <- lapply(seq_along(list_out), function(i) {
  list_out[[i]] |>
    modify_table_body(
      mutate,
      q.value = all_q_values[i]
    ) |>
    modify_header(q.value ~ "**q-value**") |>
    modify_fmt(
      columns = q.value,
      fmt_fun = ~style_pvalue(.x, digits = 3)
    )
})

## 4. 合并表格
tbl_merge(tbls = list_out_with_q,
          tab_spanner = colnames(toy_1))

代码说明 #

1. 生成基础表格：循环创建带p值的tbl_cross表格，不调用add_q()
2. 统一计算q值：用sapply提取所有表格的p值，调用stats::p.adjust()基于总检验数3做校正
3. 添加q值到表格：通过modify_table_body给每个表格插入q值列，用modify_header设置表头，modify_fmt格式化q值显示
4. 合并表格：最后用tbl_merge横向合并带q值的表格

内容的提问来源于stack exchange，提问作者sheepsbleet808