如何从glm.nb()模型中恢复用户指定的init.theta值？

当未指定init.theta时，MASS::glm.nb()会自动计算该参数值。但手动指定init.theta为10^6后，查询模型对象的$call$init.theta得到的却是自动计算的5.028696（与未指定时的结果一致），如何找回自己指定的初始init.theta值？

复现代码 #

set.seed(54321)

n <- 500

initial_theta <- 10^6

input_data <- data.frame(
  group = sample(letters[1:4], size = n, replace = TRUE),
  y = rnbinom(n, size = 5, mu = 2)
)

user_model <- MASS::glm.nb(
    formula = y ~ group,
    data = input_data,
    init.theta = initial_theta
  )

auto_model <- MASS::glm.nb(
    formula = y ~ group,
    data = input_data
  )

问题验证代码 #

user_model$call$init.theta
#> [1] 5.028696

auto_model$call$init.theta
#> [1] 5.028696

原因说明 #

glm.nb()在拟合模型时，会将call对象中的init.theta替换为最终估计得到的theta值，而非保留你手动指定的初始值，因此无法从模型的$call属性中获取最初设定的初始值。

解决方法 #

• 方法一：直接使用预先定义的变量
  如果你在指定init.theta时用了一个变量（比如代码中的initial_theta），直接调用该变量即可获取初始值：

  initial_theta
  #> [1] 1000000
  

• 方法二：给模型对象添加自定义属性
  可以手动给模型对象添加一个属性来存储初始值，方便后续关联查询：

  # 给模型添加自定义属性
  user_model$specified_init_theta <- initial_theta
  # 查看指定的初始值
  user_model$specified_init_theta
  #> [1] 1000000
  

内容的提问来源于stack exchange，提问作者jcken