遇到过不少用户碰到这个糟心的问题，给你几个亲测有效的办法，按步骤来应该能彻底解决：

• 修改注册表锁定显示设置
  这是最直接的系统层面解决方案，能固定住图标显示的配置：

  1. 按下Win + R打开运行窗口，输入regedit回车，打开注册表编辑器。
  2. 导航到路径：HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\NotifyIconSettings
  3. 在这个路径下，找到和Skype相关的子项（可能是一串字母数字组合，也可能直接包含“Skype”字样），点击进入该子项。
  4. 在右侧面板找到ShowIcon键值，双击它将数值数据改为1（1代表始终显示，0对应隐藏）。
  5. 同时找到HiddenTime键值，把它的数值数据改为0，避免系统记录隐藏时间触发自动重置。
  6. 操作完成后关闭注册表编辑器，重启电脑就能生效。

• 开启Skype后台运行设置
  有时候是Skype自身的退出行为导致系统图标配置被重置，先检查这个基础设置：

  1. 打开Skype客户端，点击右上角的三个点（设置图标）进入设置页面。
  2. 切换到“常规”选项卡，确保勾选「关闭窗口时保持Skype运行」。这样Skype不会完全退出，图标设置也就不容易被系统修改。

• 禁用Skype自动更新（备选方案）
  部分用户反馈Skype的自动更新会覆盖之前的图标配置，如果前两个方法无效可以试试：

  1. 打开Skype设置，找到“帮助和反馈”选项卡。
  2. 关闭“自动更新”的开关。不过要注意，禁用更新可能会错过功能升级和安全补丁，这个方案谨慎使用。

备注：内容来源于stack exchange，提问作者leerod