如何合并多个DataFrame并对共同列counts求和？

不用纠结pd.merge的两两限制，直接用pd.concat+分组求和就能高效处理多个同结构的DataFrame，具体操作如下：

• 把所有要合并的DataFrame放进一个列表里，比如：

  dfs = [df1, df2, df3, df4, df5, df6, df7, df8, df9, df10, df11, df12, df13, df14]
  

• 用pd.concat拼接所有DataFrame，得到一个包含所有数据的长表：

  concatenated_df = pd.concat(dfs, ignore_index=True)
  

  加ignore_index=True是为了重置行索引，避免拼接后出现重复索引的问题。

• 按gene列分组，对counts列求和，最后重置索引得到你想要的汇总结果：

  merged_df = concatenated_df.groupby('gene')['counts'].sum().reset_index()
  

运行完上面的代码，merged_df就是按基因汇总计数后的DataFrame了。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Camila