如何在Bash中同时对应处理两组同序号的文件？

修复数组索引循环的写法 #

你原来的数组循环错误在于遍历的是数组长度而非索引，正确写法应该遍历数组的索引：

bam=(*.bam)
ids=(*.txt)

# C风格循环，遍历索引从0到数组长度-1
for ((i=0; i<${#bam[@]}; i++)); do
  f=${bam[i]}
  e=${ids[i]}
  samtools view -N "$e" "$f" > "${f%.bam}.fasta"
done

或者用索引遍历的方式：

bam=(*.bam)
ids=(*.txt)

for i in "${!bam[@]}"; do
  f=${bam[i]}
  e=${ids[i]}
  samtools view -N "$e" "$f" > "${f%.bam}.fasta"
done

注意：要确保*.bam和*.txt的排序一致（比如按文件名数字排序），如果系统默认排序不是数字序，可以用bam=($(ls -v *.bam))和ids=($(ls -v *.txt))强制按版本号排序，避免10.bam排到2.bam前面的问题。

用GNU Parallel实现一一配对 #

要避免生成笛卡尔积，需使用Parallel的配对模式，有两种方法：

方法1：使用--xapply参数 #

--xapply会让两个列表的元素一一对应，而非生成所有组合：

parallel --dry-run --xapply 'samtools view -N {1} {2} > {2.}.fasta' ::: *.txt ::: *.bam

方法2：使用:::+分隔符 #

:::+同样用于配对两个列表的对应元素：

parallel --dry-run 'samtools view -N {1} {2} > {2.}.fasta' ::: *.txt ::::+ *.bam

若需强制数字排序，可写成：

parallel --dry-run --xapply 'samtools view -N {1} {2} > {2.}.fasta' ::: $(ls -v *.txt) ::: $(ls -v *.bam)

内容的提问来源于stack exchange，提问作者pedro