如何从survfit函数提取累积发生率曲线的概率数据？

问题详情 #

我使用survival::survfit()绘制累积发生率曲线，参考官方vignette执行了以下代码：

library(survival)
mgus2$etime <- with(mgus2, ifelse(pstat==0, futime, ptime))
event <- with(mgus2, ifelse(pstat==0, 2*death, 1))
mgus2$event <- factor(event, 0:2, labels=c("censor", "pcm", "death"))
mfit2 <- survfit(Surv(etime, event) ~ sex, data=mgus2)
plot(mfit2)

数据包含pcm和death两个事件，协变量sex分为male和female两个水平，绘图生成四条概率曲线。但我在mfit2中仅找到x轴数据mfit2$time，mfit2$pstate未包含pcm女性、pcm男性、death女性、death男性这四个概率。我已找到提取数据的变通方法，但想知道这些绘图用的概率数据藏在mfit2的哪个位置？

解答 #

在竞争风险模型的survfit结果中，绘图所需的四条累积发生率曲线数据，实际存储在mfit2$cumhaz矩阵中，需要结合分组和事件类型对应：

• mfit2$strata会明确分组的时间点数量划分（比如sex=female和sex=male各自包含多少个时间点）
• mfit2$cumhaz的每一行对应一个时间点，每一列对应一种事件类型在对应分组下的累积发生率。你可以通过mfit2$states确认列对应的事件顺序（这里就是pcm、death），再结合strata的分组索引拆分，就能精准对应到四条曲线的数据。

举个直观的提取示例：

# 获取分组的时间点索引分界
strata_split <- c(0, cumsum(mfit2$strata))
# 提取女性组的pcm和death累积发生率
female_pcm <- mfit2$cumhaz[(strata_split[1]+1):strata_split[2], 1]
female_death <- mfit2$cumhaz[(strata_split[1]+1):strata_split[2], 2]
# 提取男性组的pcm和death累积发生率
male_pcm <- mfit2$cumhaz[(strata_split[2]+1):strata_split[3], 1]
male_death <- mfit2$cumhaz[(strata_split[2]+1):strata_split[3], 2]

此外，直接运行summary(mfit2)也能查看每个时间点对应的各事件累积发生率，输出结果会按分组和事件类型清晰展示所有数值。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者LulY