RMarkdown子文档R代码未执行问题求助

以下是几个常见的错误点和对应的解决方法：

• 主文档调用子文档的方式错误
  如果子文档是.Rmd格式，必须使用带child参数的代码块来引入，示例：

  不要用source()调用.Rmd文件——source()会把整个文档当作纯文本直接打印，不会解析执行其中的代码块。如果子文档是.R脚本，才用source(here::here("scripts/data_processing.R"))，同时确保该代码块没有设置eval=FALSE。

• 子文档代码块格式不规范
  若子文档是.Rmd，里面的R代码必须包裹在标准的代码块标记中：

  # 数据读取示例
  raw_data <- read.csv(here::here("data/raw_data.csv"))
  # 数据清洗代码
  cleaned_data <- raw_data[!is.na(raw_data$value), ]
  

  缺少````{r}```标记的代码会被识别为普通文本，直接显示而不执行。

• 全局或局部代码块选项设置错误
  检查主文档开头的全局设置代码块，是否误设了eval=FALSE：

  knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE, eval = TRUE) # 确保eval为TRUE
  

  如果全局设置了eval=FALSE，所有代码块默认都不会执行。也可以在子文档的代码块中单独指定eval=TRUE强制执行。

• 文件格式与调用方式不匹配
  不要混淆.R和.Rmd的调用逻辑：.Rmd用child参数引入，.R脚本用source()执行，交叉调用必然导致代码不执行、仅打印的问题。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Marc Alexander