如何将RStudio中Tukey事后检验结果直接导出为PDF

你之前用pdf()得到空文件，是因为pairs(emmeans(...))输出的是文本内容而非图形，pdf()默认只捕获绘图内容，不会自动保存这些文本输出。下面是几个可行的解决办法：

方法1：捕获控制台输出写入PDF #

先把检验结果存为对象，再捕获原本要显示在控制台的内容，最后写入PDF：

# 保存Tukey检验结果对象
tukey_res <- pairs(emmeans(M50, ~AgeClass + Month, component="zi"), 
                   type="response", bias.adjust=F, adj="Tukey", infer=(TRUE))

# 捕获控制台输出内容
output_content <- capture.output(print(tukey_res))

# 打开PDF设备，调整宽高适配结果长度
pdf("tukey_results.pdf", width = 12, height = 18)
# 创建空白绘图区域，隐藏坐标轴
plot(0, 0, type = "n", axes = FALSE, xlab = "", ylab = "")
# 用等宽字体打印捕获的文本，保证格式整齐
text(0, 1, paste(output_content, collapse = "\n"), adj = c(0,1), family = "mono", cex = 0.75)
# 关闭PDF设备，完成保存
dev.off()

方法2：转成美观表格导出PDF #

如果需要格式规整的表格，用knitr和kableExtra实现：

# 第一次使用先安装所需包
install.packages(c("knitr", "kableExtra"))
library(knitr)
library(kableExtra)

# 将检验结果转为数据框格式
tukey_table <- as.data.frame(tukey_res)

# 生成带格式的PDF表格，自动适配宽度
kable(tukey_table, "latex", booktabs = TRUE, caption = "Tukey事后检验结果") %>%
  kable_styling(latex_options = c("striped", "scale_down")) %>%
  save_kable("tukey_results_table.pdf")

方法3：先存文本再转PDF（简单备选） #

如果嫌上面的方法复杂，可先将输出存为文本文件，之后手动转PDF，或用R自带工具自动转换（需电脑安装LaTeX环境）：

# 将输出定向写入文本文件
sink("tukey_results.txt")
print(tukey_res)
sink()  # 恢复控制台输出

# 自动将文本转PDF（需LaTeX环境支持）
tools::texi2pdf("tukey_results.txt")

内容的提问来源于stack exchange，提问作者YvonneS