如何在GNU Parallel中传递分配的pdb文件名给csh脚本

原始问题场景 #

使用以下csh命令并行运行脚本时，myParallelScript.csh能接收ARR变量中的所有固定参数，但无法获取每个进程对应的pdb文件名：

set ARR = `echo $x $homeDir $pdbID $ligID $ligNum $dirName $cutoff` 

parallel -j 20 myParallelScript.csh "$ARR" ::: *.pdb

修正后的命令 #

在"$ARR"前添加{}占位符，即可让每个并行进程拿到对应的pdb文件名：

set ARR = `echo $x $homeDir $pdbID $ligID $ligNum $dirName $cutoff` 

parallel -j 20 myParallelScript.csh {} "$ARR" ::: *.pdb

原理说明 #

{}是GNU Parallel的默认占位符，会被自动替换为:::后列表中的当前元素（这里就是每个pdb文件名）。调整参数顺序后，脚本会先接收到专属的pdb文件名，再接收ARR里的固定参数，满足并行任务的需求。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Brian Bennion