嗨，这个问题我刚好折腾过！确实像你说的，GTK系列的文件管理器（比如Nautilus和Nemo）默认都会读取~/.config/gtk-3.0/bookmarks这个共用文件，所以书签是同步的。不过咱们可以通过环境变量的小技巧，让它们各自使用独立的书签文件~

方法一：临时测试（快速验证效果） #

如果你只是想先试试效果，可以直接在终端里用带环境变量的命令启动文件管理器：

• 启动Nemo并指定专属书签文件：
  GTK_BOOKMARKS="$HOME/.config/nemo/bookmarks" nemo
• 启动Nautilus并指定专属书签文件：
  GTK_BOOKMARKS="$HOME/.config/nautilus/bookmarks" nautilus

注意：第一次运行前，得先创建对应的目录和书签文件，不然会报错。比如先给Nemo建目录：
mkdir -p ~/.config/nemo
然后可以把原来的书签复制过去做基础修改：
cp ~/.config/gtk-3.0/bookmarks ~/.config/nemo/bookmarks
Nautilus的操作同理。

方法二：永久化设置（一劳永逸） #

如果觉得每次输命令麻烦，可以修改桌面启动器，让文件管理器每次启动都自动加载专属书签：

1. 找到文件管理器的桌面启动文件：
   • Nemo的启动文件一般在~/.local/share/applications/nemo.desktop（如果没有，就从/usr/share/applications/nemo.desktop复制一份到这个用户目录下，避免系统更新覆盖）
   • Nautilus的启动文件同理，路径是~/.local/share/applications/nautilus.desktop
2. 用文本编辑器打开启动文件，找到Exec=开头的那一行：
   • 把Nemo的Exec=nemo改成：
     Exec=env GTK_BOOKMARKS="$HOME/.config/nemo/bookmarks" nemo
   • 把Nautilus的Exec=nautilus改成：
     Exec=env GTK_BOOKMARKS="$HOME/.config/nautilus/bookmarks" nautilus
3. 保存修改后，注销再重新登录系统，设置就生效啦！

这样设置之后，Nautilus和Nemo的书签就完全独立了，你在其中一个里添加、删除书签，只会修改各自的专属文件，不会影响另一个。要是之后想恢复共享，只要把启动命令改回原来的样子就行~

备注：内容来源于stack exchange，提问作者boglarka