RDKit中Mol对象调用Compute2DCoords方法触发AttributeError求助

修正后的代码 #

import rdkit.Chem as Chem

mol = Chem.MolFromSmiles('CCC') 
Chem.Compute2DCoords(mol)  # 正确调用方式

问题原因 #

RDKit文档虽将Compute2DCoords列在Mol类条目下，但它实际是模块级别的工具函数，而非Mol实例的方法。RDKit中大量分子操作采用函数式设计，需要将Mol对象作为参数传入，而非通过实例直接调用。

替代实现方式 #

也可以通过rdDepictor模块调用对应函数，效果一致：

import rdkit.Chem as Chem
from rdkit.Chem import rdDepictor

mol = Chem.MolFromSmiles('CCC')
rdDepictor.Compute2DCoords(mol)

验证坐标生成 #

若需确认2D坐标是否成功生成，可通过以下代码查看：

positions = mol.GetConformer().GetPositions()
print(positions)

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Lukas Kaspras