使用cowplot的plot_grid组合带ggbreak轴断裂的火山图时轴断裂效果消失的问题求助
使用cowplot的plot_grid组合带ggbreak轴断裂的火山图时轴断裂效果消失的问题求助
我最近在做火山图可视化时遇到了个头疼的问题,想请大家帮忙分析下原因。
我用ggplot2绘制了两张火山图,由于两张图里都存在离群点,为了让可视化效果更清晰,我用ggbreak包的scale_y_break()给Y轴添加了断裂效果——单独查看每张处理后的图(比如p1和p3)时,轴断裂的显示是完全正常的。
可当我尝试用cowplot包的plot_grid()把这两张带轴断裂的图放在同一页面展示时,奇怪的事情发生了:组合后的图里完全看不到我设置的轴断裂效果,就好像直接用了没加断裂的原始图一样。
以下是我绘制其中一张图的完整代码(另一张图的逻辑完全一致):
p<- c1 %>% ggplot(aes(x = avg_log2FC, y = -log10(p_val_adj), fill = gene_type, size = gene_type, alpha = gene_type)) + geom_point(shape = 21, # 指定点形状与边框色 colour = "black") + geom_hline(yintercept = 0, linetype = "dashed") + scale_fill_manual(values = cols) + scale_size_manual(values = sizes) + scale_alpha_manual(values = alphas) + scale_x_continuous(limits=c(-1.5,1.5), breaks=seq(-1.5,1.5,0.5)) + scale_y_continuous(limits=c(0,110),breaks=seq(0,110,25))+ labs(title = "Gene expression", x = "log2(fold change)", y = "-log10(adjusted P-value)", colour = "Expression \nchange") + theme_bw() + theme(panel.border = element_rect(colour = "black", fill = NA, size= 0.5), panel.grid.minor = element_blank(), panel.grid.major = element_blank()) # 为Y轴添加断裂 p1 <- p + scale_y_break(breaks = c(30, 100))
单独运行p1能看到正常的轴断裂效果,但执行plot_grid(p1,p3, ncol = 2)后,组合图里的轴断裂就彻底消失了。
想请教大家:是我哪里操作有误吗?还是说这是cowplot和ggbreak组合使用时的局限性?
备注:内容来源于stack exchange,提问作者jonny jeep
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