你遇到的这种情况其实挺常见的，大多是因为文件系统里存在一些磁盘分析器没统计到的“隐形占用”，结合你是删除文件夹后出现的问题，给你列几个最可能的原因和对应的排查/解决方法：

• 已删除文件被进程持续占用，磁盘空间未释放
  当你用rm -r删除文件夹后，如果有后台进程还在打开这些文件夹里的文件，系统不会真正释放这些文件占用的空间——df会把它们算成“已使用”，但磁盘分析器扫不到这些已经被标记删除但还没被系统回收的文件。
  排查方法：运行sudo lsof | grep deleted，这个命令会列出所有持有已删除文件句柄的进程。找到对应的进程后，你可以重启该进程（比如用systemctl restart <进程名>），或者直接重启系统，空间就会被释放。

• 磁盘分析器没有扫描root权限的文件/目录
  磁盘分析器默认可能以普通用户权限运行，没法访问root专属的文件、系统目录（比如/var/log、/var/cache、/root），这些目录的占用空间不会被统计进去，但df是统计整个分区的所有空间。
  排查方法：用root权限启动磁盘分析器，或者用命令行工具查看分区内各目录的真实占用：

  sudo du -sh /*
  

  这个命令会列出根目录下每个子目录的总占用大小，找到占用异常大的目录后再深入排查，比如sudo du -sh /var/log看看日志文件是不是占了很多空间。

• 系统快照/备份工具占用了大量空间
  如果你用了Timeshift这类系统快照工具，它会在根分区生成快照文件，这些文件通常是隐藏状态，磁盘分析器可能不会默认统计，但df会把它们算进已使用空间里。
  排查方法：打开快照工具的图形界面查看，或者用命令sudo du -sh /timeshift（如果快照存储在根分区的话）确认占用大小，删除不需要的旧快照就能释放空间。

• 挂载点下的“遗留文件”占用空间
  假设你之前在某个挂载点（比如/mnt/data）挂载了外部分区，后来卸载了这个分区，但之前在/mnt/data目录下存放的文件还留在那里。之后如果重新挂载分区，这些遗留文件会被新挂载的分区覆盖，看不到但仍然占用根分区的空间，df会统计，但磁盘分析器扫挂载点时看到的是新分区的内容，不会统计遗留文件。
  排查方法：先卸载对应的挂载点（比如sudo umount /mnt/data），然后查看该目录下的文件，删除不需要的文件后再重新挂载分区。

• 文件系统元数据异常（少见但可能）
  虽然你的情况是空间满而非inode满，但偶尔文件系统的元数据出错也会导致df统计异常。可以尝试检查文件系统的完整性：
  首先得卸载该分区（如果是根分区的话，需要进入单用户模式或者用Live CD启动），然后运行：

  sudo fsck /dev/nvme0n1p5
  

  注意：fsck会修改文件系统，运行前最好备份重要数据。

备注：内容来源于stack exchange，提问作者Alonso