如何解决生物对齐（VALIS）中的numpy SVD不收敛错误？

错误内容 #

raise LinAlgError("SVD did not converge")
numpy.linalg.LinAlgError: SVD did not converge

简单可行的解决步骤 #

• 先查输入图像
  1. 别用全黑、全白或大部分区域无有效内容的图像，这类图会让SVD算不出有效结果
  2. 确认所有待对齐的图像分辨率一致，分辨率差太多容易出问题
• 调VALIS的参数
  1. 降低特征点检测的阈值，少找一些特征点，避免噪声干扰计算
  2. 开启VALIS的鲁棒对齐模式（如果有这个选项），让程序自动跳过异常数据点
• 预处理图像
  1. 给图像加一点对比度，让生物特征更清晰
  2. 裁掉图像边缘的空白边框，只保留有效区域
• 换numpy版本试试
  既然没法降到更低版本，试试安装numpy==1.24.3，这个版本和Python3.9适配性好，SVD稳定性也不错，执行命令：pip install numpy==1.24.3 --force-reinstall

定位错误的小技巧 #

要是不知道哪个模块触发的错误，在代码最开头加两行：

import numpy as np
np.seterr(all='raise')

这样能精准找到出错的代码行，方便针对性调整

内容的提问来源于stack exchange，提问作者snack