Quarto文档无法识别targets项目目录的问题求助

问题概述 #

我在targets工作流中使用R Markdown已有一段时间，现尝试迁移至Quarto文档，但过渡过程中遇到多个路径相关问题：

• source()无法识别项目目录：R Markdown中可直接用source("packages.R")加载包脚本，但Quarto中执行会报错Error in file():! cannot open the connection，需改用source(here::here("packages.R"))才能渲染。
• tar_load()找不到项目根目录下的_targets文件夹，报错Error:! targets data store _targets not found. Utility functions like tar_read() and tar_load() require a pre-existing targets data store。
• tar_source()无法加载R文件夹中的自定义函数，需改为tar_source(files = here::here("R"))才能正常加载。

项目文件结构如下：

$
│ test_proj.Rproj
| packages.R
│
├─ data
│    mtcars.csv
├─ R
|    testing123.R
└─ docs
     quarto.qmd
     markdown.rmd

核心需求：让Quarto文档像R Markdown一样默认使用项目根目录，无需将所有文件放入Quarto文档同目录，方便项目数据和函数管理（尤其是配合targets包时）。

解决方案 #

1. 配置Quarto工作目录为项目根 #

在Quarto文档（quarto.qmd）的YAML头部添加execute配置，指定工作目录为项目根目录：

---
title: "你的文档标题"
execute:
  working-dir: ".."
---

这里的".."表示当前.qmd文件所在目录的上级目录（即项目根目录），配置后Quarto执行代码时会以项目根为工作目录，和R Markdown的默认行为完全一致。

2. 验证路径调用 #

配置完成后，即可直接使用原本R Markdown中的路径写法：

• 加载包脚本：source("packages.R")
• 加载targets对象：tar_load(your_target_name)
• 加载自定义函数：tar_source("R")

3. 备选方案：全局绑定项目根（若配置失效） #

如果working-dir配置未生效，可以在Quarto文档开头的代码块中用here包强制绑定项目根：

library(here)
# 明确指定项目根为.Rproj文件所在路径
here::i_am("test_proj.Rproj")

之后所有路径调用无论是用here()包裹，还是直接使用相对路径，都会基于项目根目录。

关键原因 #

Quarto默认以当前.qmd文件所在目录为工作目录，而R Markdown默认以.Rproj对应的项目根为工作目录，这是两者路径行为差异的核心。通过配置working-dir可以统一工作目录，避免逐个修改路径的繁琐操作。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Morgan Browning