R语言提取生物气候变量时临时文件无法打开的问题求助

• 系统：Windows 11 22H2 64位
• R版本：4.4.1

运行的缓冲处理代码 #

# test buffersizes
results <- lapply(buffersizes, function(buffer_distance) {
  buffers <- buffer(occ.thinned.sp, width = buffer_distance)
  bioclim_values <- extract(envs_all.crop, buffers, fun = mean, na.rm = TRUE)
  return(list(buffer_size = buffer_distance, values = bioclim_values))
})

print(results)

报错内容 #

Error in file(fn, "rb") : cannot open the connection
In addition: Warning message:
In file(fn, "rb") :
  cannot open file 'C:\Users\Username\AppData\Local\Temp\RtmpErQYOu\raster\r_tmp_2024-08-06_163252.605407_8724_05039.gri': No such file or directory

已尝试的无效操作 #

• 自动/手动创建报错中指定的临时文件路径
• 重建临时目录，执行代码如下：

# check if temp folder is working
temp.dir <- ifelse(!dir.exists(tempdir()),
                   dir.create(tempdir(), recursive = TRUE),
                   FALSE)
tempdir()

可行解决方案 #

1. 指定自定义临时目录
   避开系统临时目录的权限或自动清理问题，手动设置raster包的临时存储路径（选择你有完全读写权限的本地文件夹）：

   library(raster)
   rasterOptions(tmpdir = "D:/R_raster_temp")
   # 验证设置是否生效
   rasterOptions("tmpdir")
   

2. 更新raster包
   R 4.4.1为较新版本，可能与旧版raster包存在兼容性问题，更新至最新版：

   install.packages("raster")
   

3. 清理系统临时目录
   Windows临时目录空间不足或冗余文件过多会引发此类问题，手动清理C:\Users\Username\AppData\Local\Temp下的旧文件后，重启R再运行代码。

4. 循环内主动清理临时文件
   在lapply循环中显式清理临时文件，避免文件累积导致的异常：

   results <- lapply(buffersizes, function(buffer_distance) {
     buffers <- buffer(occ.thinned.sp, width = buffer_distance)
     bioclim_values <- extract(envs_all.crop, buffers, fun = mean, na.rm = TRUE)
     # 立即清理当前循环产生的临时文件
     removeTmpFiles(h=0)
     return(list(buffer_size = buffer_distance, values = bioclim_values))
   })
   

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Karsten