如何阻止Snakemake重新生成指定输入文件？

针对你开发的Snakemake工作流测试框架，要阻止Snakemake重新生成输入文件、仅运行指定测试规则，这里给你几个可行的落地方案：

1. 用--rules实现规则白名单 #

Snakemake的--rules参数可以直接指定仅运行哪些规则，完全符合你要的白名单需求。执行时Snakemake只会处理你列出的规则，以及这些规则直接依赖的已存在输入（不会触发上游规则重生成输入），如果指定规则无法生成目标（比如依赖缺失）会直接报错，刚好适配测试场景。

示例命令：

snakemake --rules test_rule1,test_rule2 --directory ./test_workdir

2. 配置--rerun-triggers避免误触发重跑 #

--rerun-triggers的可选值包括：mtime, checksum, input, params, wildcards, software-env, container。要避免因输入文件的时间或内容变化触发重跑，你可以把触发条件限制为仅当规则参数或通配符变化时才重跑：

示例命令：

snakemake --rules test_rule --rerun-triggers params,wildcards

这样设置后，只要输入文件对应的规则参数和通配符没变化，哪怕文件mtime更新，Snakemake也不会认为它过期。

3. 用--touch标记输入文件为最新 #

关于--touch的工作机制，明确两点：

• 它会更新目标文件（包括软链接）的mtime到当前时间，软链接的话更新的是链接本身的时间，不是源文件
• 同时会在.snakemake/metadata目录中记录文件状态，标记为已更新，让Snakemake认定它是最新版本

你可以在测试前先对所有输入文件执行touch操作，彻底避免Snakemake判定输入过期：

示例命令：

snakemake --touch input_file1.txt input_file2.bam --directory ./test_workdir

优化后的完整测试流程 #

把上述方案结合起来，你的测试流程可以调整为：

1. 创建空工作目录
2. 将输入文件复制或软链接至该目录
3. 标记输入文件为最新：

   snakemake --touch $(echo ${INPUT_FILES[@]}) --directory ./test_workdir
   

4. 仅运行待测试规则并限制重跑触发条件：

   snakemake --rules <target-rules> --rerun-triggers params,wildcards --directory ./test_workdir
   

5. 检查预期输出文件的存在性与内容一致性

内容的提问来源于stack exchange，提问作者JaredL