使用MOFA2 R包创建多组学对象时遭遇vapply类型错误的求助

我正在基于一份教程使用MOFA2包，已经将代谢组、炎症因子和微生物组这三层组学数据合并成了长格式的数据框，包含要求的列：sample、feature、value和view。

head(multiomic)

sample	feature	value	view
SM01_01	X2_Aminobutyric.acid	0.05117221	metabolome
SM01_02	X2_Aminobutyric.acid	0.03615312	metabolome
SM01_03	X2_Aminobutyric.acid	0.15299858	metabolome
SM02_01	X2_Aminobutyric.acid	0.13094635	metabolome
SM02_02	X2_Aminobutyric.acid	0.63106917	metabolome
SM02_03	X2_Aminobutyric.acid	0.70794188	metabolome

str(multiomic)

'data.frame':   26208 obs. of  4 variables:
 $ sample : chr  "SM01_01" "SM01_02" "SM01_03" "SM02_01" ...
 $ feature: Factor w/ 222 levels "X2_Aminobutyric.acid",..: 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ value  : num  0.0512 0.0362 0.153 0.1309 0.6311 ...
 $ view   : chr  "metabolome" "metabolome" "metabolome" "metabolome" ...

当我尝试运行创建MOFA对象的命令时，出现了如下错误：

create_mofa_from_df(multiomic)

Aggregation function missing: defaulting to length
Error in vapply(indices, fun, .default) : values must be type 'logical',
but FUN(X[[1]]) result is type 'integer'

我试过只合并代谢组和炎症因子的数据，是可以正常运行的。我怀疑问题出在微生物组数据上，但不确定具体哪里出了问题。我的数据格式完全按照教程要求来的。对比微生物组单独的数据（data）和代谢组+炎症因子的数据（multi_long）的结构：

str(data)

'data.frame':   8424 obs. of  4 variables:
 $ sample : chr  "SM01_01" "SM26_01" "SM30_03" "SM02_01" ...
 $ feature: chr  "Bifidobacterium" "Blautia" "Bacteroides" "Blautia" ...
 $ value  : num  7.97 7.85 7.77 7.77 7.73 ...
 $ view   : chr  "microbiome" "microbiome" "microbiome" "microbiome" ...

str(multi_long)

'data.frame':   17784 obs. of  4 variables:
 $ sample : chr  "SM01_01" "SM01_02" "SM01_03" "SM02_01" ...
 $ feature: Factor w/ 152 levels "X2_Aminobutyric.acid",..: 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ value  : num  0.0512 0.0362 0.153 0.1309 0.6311 ...
 $ view   : chr  "metabolome" "metabolome" "metabolome" "metabolome" ...

我猜这是个数据结构的问题，但就是没发现明显的解决办法...希望能得到一些指导！

谢谢！

备注：内容来源于stack exchange，提问作者peteredout