如何用tanggle包的ggsplitnet同时绘制进化树网络的样本名与分组色点

核心思路是保留进化树网络的原始样本标签，通过外部数据框关联分组信息，再在绘图时分别调用标签和点的图层，无需修改Nnet$translate对象。

完整解决方案代码 #

# 加载所需包
library(phangorn)
library(ggtree)
library(tanggle)

# 读取进化树网络
fdir <- system.file("extdata/trees", package = "phangorn")
Nnet <- phangorn::read.nexus.networx(file.path(fdir, "woodmouse.nxs"))

# 定义分组信息，创建包含样本名和分组的数据框
mygroups <- rep(LETTERS[1:3], each = 5)
group_df <- data.frame(label = Nnet$translate$label, group = mygroups)

# 绘制同时显示样本名和分组着色点的网络
ggsplitnet(Nnet) +
  geom_tippoint(aes(color = group), size = 5) +  # 按分组着色点
  geom_tiplab2() +  # 显示原始样本名
  scale_color_manual(values = c("A" = "red", "B" = "blue", "C" = "green")) +  # 自定义颜色
  theme(legend.position = "right")

关键说明 #

• 不要修改Nnet$translate$label，保留原始样本名才能让geom_tiplab2()正确显示样本名称。
• 通过group_df将样本名与分组一一对应，ggtree系列函数会自动通过label列匹配树对象和外部数据。
• geom_tippoint()的aes(color = group)直接引用外部数据框的分组列，实现按组着色。
• 如果需要调整标签和点的位置，可以给geom_tiplab2()添加offset参数（比如offset = 0.2），避免标签和点重叠。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者rdl