Nextflow脚本报错：No such variable: input_file 求助

错误原因是workflow模块未将输入通道传递给catFile进程。Nextflow进程需要在workflow中明确接收输入，否则无法找到定义的input变量。

修正后的代码 #

#!/usr/bin/env nextflow

params.input_file = params.input_file ?: 'example.txt'

input_file_channel = Channel.fromPath(params.input_file)

process catFile {
    input:
    path input_file from input_file_channel  

    script:
    """
    cat ${input_file}
    """
}

workflow {
    // 将输入通道传递给catFile进程
    catFile(input_file_channel)
}

更规范的写法（推荐） #

把通道定义放在workflow块内，进程仅声明输入类型，逻辑更清晰：

#!/usr/bin/env nextflow

params.input_file = params.input_file ?: 'example.txt'

workflow {
    input_file_channel = Channel.fromPath(params.input_file)
    catFile(input_file_channel)
}

process catFile {
    input:
    path input_file  

    script:
    """
    cat ${input_file}
    """
}

内容的提问来源于stack exchange，提问作者UGUR SAHIN