如何将vegan函数应用于dataframe列表并解决下标赋值报错？

现有一个按地点拆分的dataframe列表，每个dataframe包含年度、地点和物种计数列。需要对每个dataframe除前两列外的所有列，应用vegan包的specaccum（已封装为specacc函数）和specnumber（已封装为specrich函数），最终生成一个新列表，每个元素是包含Year、spec_acum（specacc结果）、Richness（specrich结果）的dataframe，且新列表元素名称与原列表一致。

原循环代码执行时能打印临时dataframe，但保存结果时报错：

Error in [[<-(tmp, i, value = df_temp) :  invalid subscript type 'list'

自定义函数及可复现代码如下：

# 自定义函数
specacc <- function(df) { 
  out <- vegan::specaccum(df[,-c(1,2)], method = "collector")
  out$richness
}

specrich <- function(df) {
  vegan::specnumber(df[,-c(1,2)])
}

# 生成示例数据
Years <- c(2022, 2023, 2024, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024)
Location <- c(rep("A",3), rep("B",9), rep("C",9), rep("D",7), rep("E",9))
a <- c(rep(0,13), 2, rep(0, 23))
b <- c(rep(0,3),3,11,1,1,2,0,3,0,0,0,0,0,3,3,4,0,6,7,0,0,2,0,4,2,2,0,0,0,1,1,2,1,28,2)
c <- c(rep(0,30),100,600,rep(0,5))
d <- c(rep(0,10),5, rep(0,14),4,1, rep(0,6), rep(3,3),0)
e <- c(rep(0,4),20, rep(0,7),150,120,100,600,100,500,500,100,200,290,93,195,0,40,50,0,170,300,0,111,113,470,380,486,30)
counts <- data.frame(Years, Location, a, b, c, d, e)

# 拆分为列表
counts.lst <- split(counts, counts$Location)

1. 循环下标错误：原循环for (i in counts.lst)中，i是列表中的子dataframe，而非索引或名称，用test2.lst[[i]]赋值时，列表下标仅接受字符（名称）或数值（索引），不能直接用dataframe，因此触发类型错误。
2. 数据结构不符合需求：原代码将结果拼接为宽格式（年份为列），但需求是长格式（每行对应一个年份，包含三个字段）。
3. 列名匹配错误：原数据中年份列名为Years，但代码中用pull(years, Year)提取，会导致列名不匹配的隐性错误。

方案1：修正for循环 #

遍历列表的名称（而非直接遍历元素），构造符合需求的长格式dataframe：

test2.lst <- list()

# 遍历原列表的名称，保留元素命名
for (loc_name in names(counts.lst)) {
  # 获取当前地点的dataframe
  current_df <- counts.lst[[loc_name]]
  
  # 提取年份列（注意原列名是Years）
  year_vec <- current_df$Years
  
  # 计算两个指标
  spec_acum_vec <- specacc(current_df)
  richness_vec <- specrich(current_df)
  
  # 构造目标结构的dataframe
  result_df <- data.frame(
    Year = year_vec,
    spec_acum = spec_acum_vec,
    Richness = richness_vec
  )
  
  # 用原名称存入新列表
  test2.lst[[loc_name]] <- result_df
}

方案2：用purrr包简化操作（更高效） #

利用purrr::map可以直接遍历列表并保留原名称，代码更简洁：

library(purrr)

test2.lst <- map(counts.lst, function(df) {
  data.frame(
    Year = df$Years,
    spec_acum = specacc(df),
    Richness = specrich(df)
  )
})

执行后，test2.lst中的每个元素都是符合要求的长格式dataframe，且名称与原counts.lst一致。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Pedro Neves