Snakemake中如何将stdout和stderr捕获至日志文件？

你的shell命令存在重定向顺序错误，导致echo {input}的输出被最终的1> {log.stdout}覆盖，无法写入目标{output}文件，同时stdout日志的捕获逻辑不符合预期。

根据你的需求（将命令的stdout/stderr捕获到日志，同时将echo内容写入输出文件），提供两种可行方案：

方案1：同时将echo内容写入输出文件和stdout日志 #

使用tee命令复制标准输出流，确保内容同时进入输出文件和stdout日志，stderr单独写入对应日志：

configfile: "config.json"

rule all:
  input: expand("{sample}.txt", sample = config["samples"])

rule rule1:
    input:
        lambda wildcards: config["samples"][wildcards.sample]
    output:
        "{sample}.txt"
    log:
        stdout="{sample}.txt.stdout",
        stderr="{sample}.txt.stderr"
    shell:
        "echo {input} | tee {output} > {log.stdout} 2> {log.stderr}"

方案2：仅将echo内容写入输出文件，捕获可能的stderr到日志 #

如果不需要将echo内容同步到stdout日志，仅需捕获命令的错误输出，可简化重定向：

configfile: "config.json"

rule all:
  input: expand("{sample}.txt", sample = config["samples"])

rule rule1:
    input:
        lambda wildcards: config["samples"][wildcards.sample]
    output:
        "{sample}.txt"
    log:
        stderr="{sample}.txt.stderr"
    shell:
        "echo {input} > {output} 2> {log.stderr}"

• 原命令中echo {input} > {output} 1> {log.stdout}的问题：重定向按从左到右顺序执行，最终stdout被指向log.stdout，导致output文件为空。
• echo命令通常不会产生stderr，因此stderr日志在仅使用echo时会是空文件，但如果后续替换为其他可能产生错误输出的命令，该写法可正常捕获。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Homap