如何在Circos热图中为特定值添加对应图案？

核心思路 #

借助circlize绘制热图时的cell_fun参数，在每个热图单元格渲染完成后，判断单元格对应的值，再调用grid包的绘图工具为指定值添加对应图案。

具体实现步骤 #

假设你原本的热图基于circos.heatmap()函数绘制，按以下方式修改即可：

1. 加载依赖包
   确保提前加载所需工具包：

library(circlize)
library(grid)

2. 自定义单元格绘制函数
   编写cell_fun函数，完成默认单元格绘制后，根据值添加对应图案：

custom_cell_fun <- function(j, i, x, y, width, height, fill) {
  # 先绘制基础热图单元格
  grid.rect(x = x, y = y, width = width, height = height, gp = gpar(fill = fill, col = NA))
  
  # 获取当前单元格的对应值（根据你的数据结构调整取值方式）
  cell_value <- your_data[i, j] 
  
  # 为"DeH"添加条纹图案
  if(cell_value == "DeH") {
    line_count <- 5 # 控制条纹数量
    line_gap <- height / (line_count + 1)
    for(k in 1:line_count) {
      grid.lines(x = c(x - width/2, x + width/2), 
                 y = c(y - height/2 + k*line_gap, y - height/2 + k*line_gap),
                 gp = gpar(col = "black", lwd = 1))
    }
  } 
  # 为"DuN"添加圆形图案
  else if(cell_value == "DuN") {
    grid.circle(x = x, y = y, r = min(width, height)/3, 
                gp = gpar(col = "black", fill = NA, lwd = 1))
  }
}

3. 修改热图绘制代码
   在circos.heatmap()中指定cell_fun为自定义函数：

# 初始化环形布局（替换为你的实际布局参数）
circos.initialize(factors = your_factors, x = your_x_data)
circos.trackPlotRegion(ylim = c(0, nrow(your_data)), track.height = 0.4, bg.border = NA)

# 绘制带图案的热图
circos.heatmap(your_data, 
               cell_fun = custom_cell_fun,
               col = your_color_palette, # 保留你原有的配色等参数
               heatmap_height = 0.3)

# 结束环形布局
circos.clear()

注意事项 #

• 替换代码中your_data、your_factors、your_x_data、your_color_palette为你实际使用的变量名；如果热图对应三个数据框，可通过j/i的索引范围判断当前单元格所属数据框，再匹配对应值。
• 图案样式可按需调整：比如条纹的密度、圆形的大小、线条颜色/粗细，可修改gpar()中的参数（col/lwd）或条纹数量、圆半径。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Av65