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Snakemake中Checkpoints与WorkflowError:缺失通配符值问题求助

Snakemake Checkpoint处理空文件时的"Missing wildcard"错误问题
  • 在工作流的特定checkpoint后,我使用get_txt_files和not_empty_files函数生成通配符值列表
  • 第一个checkpoint用于捕获某规则生成的初始未知文件名对应的通配符值
  • 由于后续某规则可能生成空输出文件,我设置了第二个checkpoint,意图更新通配符值并排除空文件以进行后续处理,但目前遇到了**"Missing wildcard"**错误
  • 已准备好简化的复现代码

内容的提问来源于stack exchange,提问作者Anna

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最近更新时间:2026.06.18 18:14:50