在RStudio中渲染含R与Python的Quarto PDF文件时遇报错

错误现象 #

渲染包含R和Python代码的Quarto文件为PDF时，持续抛出以下错误：

Error in rbind(info, getNamespaceInfo(env, "S3methods")) : 
  number of columns of matrices must match (see arg 2)
Calls: :: ... tryCatch -> tryCatchList -> tryCatchOne -> <Anonymous>
Execution halted

补充说明 #

• 错误信息未指向具体代码块
• 单独运行所有代码块均无报错，仅点击渲染按钮时触发错误
• 已安装并加载rmarkdown和knitr包

完整错误信息 #

Error in rbind(info, getNamespaceInfo(env, "S3methods")) : 
  number of columns of matrices must match (see arg 2)
Calls: :: ... tryCatch -> tryCatchList -> tryCatchOne -> <Anonymous>
Execution halted
R installation:
  Version: 3.5.1
  Path: C:/Users/marie/anaconda3/envs/myenviro310/lib/R
  LibPaths:
    - C:/Users/marie/AppData/Local/R/win-library/4.4
    - C:/Users/marie/anaconda3/envs/myenviro310/Lib/R/library
  knitr: (None)
  rmarkdown: (None)

The knitr package is not available in this R installation.
Install with install.packages("knitr")

The rmarkdown package is not available in this R installation.
Install with install.packages("rmarkdown")

当前会话信息 #

R version 4.4.1 (2024-06-14 ucrt)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64
Running under: Windows 10 x64 (build 19045)

Matrix products: default


locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.utf8  LC_CTYPE=English_United States.utf8   
[3] LC_MONETARY=English_United States.utf8 LC_NUMERIC=C                           
[5] LC_TIME=English_United States.utf8    

time zone: America/New_York
tzcode source: internal

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base      

other attached packages:
 [1] reticulate_1.39.0 png_0.1-8         reshape2_1.4.4    lubridate_1.9.3   forcats_1.0.0    
 [6] stringr_1.5.1     dplyr_1.1.4       purrr_1.0.2       readr_2.1.5       tidyr_1.3.1      
[11] tibble_3.2.1      ggplot2_3.5.1     tidyverse_2.0.0  

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] Matrix_1.7-0      gtable_0.3.5      jsonlite_1.8.8    compiler_4.4.1    tidyselect_1.2.1 
 [6] Rcpp_1.0.13       scales_1.3.0      lattice_0.22-6    plyr_1.8.9        R6_2.5.1         
[11] labeling_0.4.3    generics_0.1.3    knitr_1.48        munsell_0.5.1     pillar_1.9.0     
[16] tzdb_0.4.0        rlang_1.1.4       utf8_1.2.4        stringi_1.8.4     xfun_0.47        
[21] timechange_0.3.0  cli_3.6.3         withr_3.0.1       magrittr_2.0.3    grid_4.4.1       
[26] rstudioapi_0.16.0 hms_1.1.3         lifecycle_1.0.4   vctrs_0.6.5       glue_1.7.0       
[31] farver_2.1.2      fansi_1.0.6       colorspace_2.1-1  tools_4.4.1       pkgconfig_2.0.3  

已尝试的无效操作 #

• 检查代码格式错误
• 重写代码排查问题
• 通过ChatGPT寻找解决方案

解决方案建议 #

1. 统一Quarto调用的R版本 #

从完整错误信息可知，Quarto渲染时使用的是conda环境myenviro310中的R 3.5.1，但当前会话使用的是R 4.4.1，版本不一致且旧版R缺少knitr和rmarkdown包。可通过以下方式解决：

• 在Quarto文件的YAML头部指定正确的R路径：

  format: pdf
  execute:
    r:
      path: "C:/Users/marie/AppData/Local/Programs/R/R-4.4.1/bin/R.exe"
  

• 或更新conda环境中的R版本并安装所需包：

  conda activate myenviro310
  conda install r-base=4.4.1
  R -e "install.packages(c('knitr', 'rmarkdown'))"
  

2. 排查包兼容性问题 #

会话中加载了reticulate用于Python交互，可能存在版本冲突：

• 更新所有R包至最新版本：

  update.packages(ask = FALSE)
  

• 临时移除reticulate包的加载，测试是否能正常渲染，确认是否为该包导致的冲突。

3. 清理渲染缓存 #

缓存文件可能引发异常，清理后重新渲染：

• 删除Quarto文件所在目录下的_quarto_cache文件夹
• 重新点击渲染按钮

内容的提问来源于stack exchange，提问作者user27258011