远程服务器安装monocle3失败：sf包加载错误求助

错误原因 #

undefined symbol: _Z16CPL_set_data_dir 这个错误说明sf包编译时无法找到GDAL库的相关符号，本质是系统缺少GDAL、GEOS、PROJ这些地理空间依赖库，且没有sudo权限无法通过apt安装系统级依赖，只能本地编译安装这些依赖库，再指定路径编译sf包。

解决方案步骤 #

1. 本地编译安装GDAL、GEOS、PROJ依赖 #

在用户主目录下创建local_libs目录存放本地编译的库：

mkdir -p ~/local_libs/src ~/local_libs/install
cd ~/local_libs/src

安装PROJ

wget https://download.osgeo.org/proj/proj-9.1.1.tar.gz
tar xzf proj-9.1.1.tar.gz
cd proj-9.1.1
./configure --prefix=$HOME/local_libs/install
make -j4
make install
cd ..

安装GEOS

wget https://download.osgeo.org/geos/geos-3.11.2.tar.gz
tar xzf geos-3.11.2.tar.gz
cd geos-3.11.2
./configure --prefix=$HOME/local_libs/install
make -j4
make install
cd ..

安装GDAL

wget https://download.osgeo.org/gdal/3.6.4/gdal-3.6.4.tar.gz
tar xzf gdal-3.6.4.tar.gz
cd gdal-3.6.4
./configure --prefix=$HOME/local_libs/install --with-proj=$HOME/local_libs/install --with-geos=$HOME/local_libs/install
make -j4
make install
cd ..

2. 设置环境变量，让R找到本地依赖 #

在终端执行以下命令（可加入~/.bashrc永久生效）：

export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/local_libs/install/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export PKG_CONFIG_PATH=$HOME/local_libs/install/lib/pkgconfig:$PKG_CONFIG_PATH

3. 重新安装sf包 #

启动R，执行以下命令：

install.packages("sf", configure.args = c(
  "--with-gdal-config=$HOME/local_libs/install/bin/gdal-config",
  "--with-geos-config=$HOME/local_libs/install/bin/geos-config",
  "--with-proj-include=$HOME/local_libs/install/include",
  "--with-proj-lib=$HOME/local_libs/install/lib"
))

4. 安装monocle3 #

sf安装成功后，再安装monocle3：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("monocle3")

备选方案：使用预编译的二进制包 #

如果本地编译依赖太麻烦，可以尝试使用pak包安装预编译的sf二进制包：

install.packages("pak")
pak::pkg_install("sf", binary = TRUE)

注：此方法依赖CRAN提供对应Ubuntu 18.04和R4.2的二进制包，若不存在则仍需本地编译。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Zayne Knuth