如何在同一Apptainer实例中开启双Shell？启动实例遇错求助

背景 #

需要在带Overlay的容器中开启两个Shell，计划先启动一个instance再两次进入容器。为避免影响共享服务器其他用户，使用--fakeroot构建镜像和Overlay，但执行启动命令时失败。

执行命令 #

apptainer instance start --fakeroot --overlay my_overlay.img my_image.sif my_new_instance_name

错误输出 #

INFO:    User not listed in /etc/subuid, trying root-mapped namespace
INFO:    Using fakeroot command combined with root-mapped namespace
INFO:    Terminating fuse-overlayfs after timeout
INFO:    Timeouts can be caused by a running background process
INFO:    Cleanup error: while stopping driver for /var/lib/apptainer/mnt/session/final: fuse-overlayfs exited: fuse: failed to unmount /var/lib/apptainer/mnt/session/final: Invalid argument
ERROR:   container cleanup failed: no instance found with name my_new_instance_name
FATAL:   container creation failed: while applying cgroups config: unable to start unit "apptainer-2317013.scope" (properties [{Name:Description Value:"libcontainer container 2317013"} {Name:Slice Value:"system.slice"} {Name:Delegate Value:true} {Name:PIDs Value:@au [2317013]} {Name:MemoryAccounting Value:true} {Name:CPUAccounting Value:true} {Name:IOAccounting Value:true} {Name:TasksAccounting Value:true} {Name:DefaultDependencies Value:false}]): Interactive authentication required.

FATAL:   while executing starter: failed to start instance: while running /usr/libexec/apptainer/bin/starter: exit status 255

错误分析与解决方案 #

核心错误点 #

1. 用户未在/etc/subuid中注册：导致Fakeroot只能回退到root-mapped命名空间，增加权限冲突风险
2. Fuse-Overlayfs卸载超时：Overlay挂载点无法正常卸载，可能是权限不足或后台进程占用
3. Systemd Cgroup权限不足：启动cgroup单元需要交互式认证，普通用户无此权限

解决步骤 #

• 注册Subuid/Subgid：联系服务器管理员将你的用户名添加到/etc/subuid和/etc/subgid文件中，让Fakeroot可以使用专属的用户命名空间，避免root-mapped模式的权限问题
• 绕过Cgroup检查：启动实例时添加--no-cgroups参数，跳过Systemd cgroup配置，命令修改为：

  apptainer instance start --fakeroot --no-cgroups --overlay my_overlay.img my_image.sif my_new_instance_name
  

• 检查Overlay镜像：确保my_overlay.img的权限正确（当前用户有读写权限），启动前关闭所有可能占用该Overlay挂载点的进程，必要时重新创建Overlay镜像

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Eric Auld