bash脚本执行报错samtools: command not found的解决求助

下面按推荐程度给出三种可行方案：

方案1：直接使用实际命令名（最推荐） #

把脚本里的samtools替换成别名对应的实际命令samtools_0.1.18，修改后脚本如下：

#!/bin/bash
# some
# code
samtools_0.1.18 view -bS input.sam out.bam

这种方式无需额外配置，避开别名相关的限制，稳定性最高。

方案2：在脚本中开启别名扩展 #

bash在非交互式模式（运行脚本时默认是该模式）下不会自动解析别名，所以需要先开启别名扩展选项，再定义别名。修改脚本：

#!/bin/bash
# 开启别名扩展功能
shopt -s expand_aliases
# 定义samtools别名
alias samtools='samtools_0.1.18'
# some
# code
samtools view -bS input.sam out.bam

方案3：将samtools路径加入环境变量 #

先在终端执行which samtools_0.1.18，得到该命令的绝对路径（示例：/opt/samtools-0.1.18/bin/samtools_0.1.18），然后把命令所在目录添加到脚本的PATH中：

#!/bin/bash
# 添加samtools所在目录到环境变量PATH
export PATH=$PATH:/opt/samtools-0.1.18/bin
# 直接使用实际命令执行操作
samtools_0.1.18 view -bS input.sam out.bam

为什么之前加别名没生效？ #

bash运行脚本时属于非交互式shell，默认关闭了别名扩展功能，即便你在脚本里定义了别名，也不会被解析为实际命令。必须通过shopt -s expand_aliases手动开启该功能才能让别名生效。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者MeghanT