Snakemake中如何将脚本设为输出依赖以触发规则重跑？

在Snakemake里，默认情况下script参数仅用于指定要执行的脚本路径，不会将脚本文件本身视为输出文件的依赖项，所以修改脚本后不会自动触发规则重跑。要实现GNU Make那样的效果，只需把脚本文件添加到规则的input部分即可：

修改后的规则示例：

rule myrule:
    input:
        "foo.csv",
        "barfoo.py"
    output:
        "foobar.csv"
    script:
        "barfoo.py"

也可以给输入项命名，让规则结构更清晰：

rule myrule:
    input:
        data="foo.csv",
        run_script="barfoo.py"
    output:
        "foobar.csv"
    script:
        "barfoo.py"

这样修改后，Snakemake会同时追踪foo.csv和barfoo.py的修改时间，只要其中任意一个文件更新，就会触发myrule规则重跑，生成新的foobar.csv。以后修改脚本后直接执行snakemake命令即可，无需再用--forceall强制刷新。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者mjandrews