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AutoDockTools图形界面卡顿严重且GPU占用100%问题求助

AutoDockTools图形界面卡顿严重且GPU占用100%问题求助

这是我第一次用askUbuntu,希望操作没问题(要是不对麻烦告诉我!)

最近我买了台迷你主机,打算在家跑一些受体-配体对接实验。我已经成功安装了相关程序:autodock4、autogrid4和mgltools。从终端打开autodock tools(这个GUI工具能显示蛋白质的交互式图形)时,窗口正常弹出,没什么问题。但只要我做任何会让蛋白质图形变化的操作——比如读取蛋白质文件、移除水分子、添加氢原子、修复残基,甚至只是选择残基/配体或者旋转蛋白质——程序就卡得要命。有时候会崩溃,但大多时候要等很久才能完成,比如读取一个.pdb格式的蛋白质文件居然要花5分钟以上。

我看了CPU使用率(用htop),它根本没什么压力,大概只有10%。但看GPU的时候(用radeontop),它直接跑满100%了。底层的autodock命令行运行倒是完全正常,没任何问题。我在其他配置差不多的机器上用过autodock tools,运行都很流畅。而且我的迷你主机上pymol运行完全正常,没有明显卡顿,GPU和CPU使用率也很合理(虽然我不确定这是不是个公平的对比)。我本来倾向于怪我的核显,但据说它能跑现代3A游戏(我没试过),那显示个蛋白质模型应该完全不在话下吧?对了,我已经联系了autodock团队和AMD,希望能找到解决办法。

有没有大佬能分析下可能的问题?是我的GPU性能不够吗?如果是这样,能不能降低图形质量来减轻GPU负担?会不会是autodock tools没有正确利用我的GPU?我该怎么检查?会不会是驱动的问题?我这方面有点新手,要是漏了什么信息或者说不清楚的地方,麻烦告诉我,我再补充!

设备参数:

  • MoreFine S500+
  • AMD Ryzen 9 5900HX(8核16线程),集成Radeon Graphics(8核,2100 MHz)
  • 1TB SSD
  • 64GB RAM
  • 64位Ubuntu 22.04.2 LTS
  • X11窗口系统
  • MGLTools 1.5.7(已打补丁),我也试过1.5.6的补丁版和两个版本的未补丁版,问题都一样

谢谢大家!

-Triazine

备注:内容来源于stack exchange,提问作者Triazine

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最近更新时间:2026.04.22 14:45:26