如何便捷获取Snakemake中shell()生成的实例化命令内容？

我使用的Snakemake版本为8.20.6，以下代码片段来自snakemake-wrappers项目的fastp wrapper：

cmd = (
    "(fastp --thread {snakemake.threads} "
    "{extra} "
    "{adapters} "
    "{reads} "
    "{trimmed} "
    "{json} "
    "{html} ) {log}"
)
shell(cmd)

我希望获取cmd的实例化内容，虽然用cmd.format(...)可以实现，但操作过于繁琐。既然shell()能够执行该命令，说明它可以自动填充占位符，我查看了shell.py源码，但未找到可直接获取实例化内容的函数或变量，想请教是否有便捷的方法获取cmd的实例化内容？

解决方法 #

有几种简单的方式可以拿到填充后的完整命令：

• 启用调试日志直接查看
  运行Snakemake时添加--debug参数，日志中会输出每个rule执行的完整shell命令，包含所有填充好的占位符。无需修改任何代码，直接执行：

  snakemake --debug
  

• 临时修改wrapper打印命令
  在shell(cmd)前添加两行代码，利用snakemake对象直接完成格式化并打印：

  filled_cmd = cmd.format(snakemake=snakemake)
  print(filled_cmd)
  shell(cmd)
  

  这里不需要手动指定每个参数，snakemake对象已经包含了所有需要的变量，直接传入即可。

• 通过API获取rule的shellcmd属性
  如果需要批量查看或在脚本中获取，可以用Snakemake API读取rule的shellcmd属性：

  from snakemake import Workflow
  
  wf = Workflow(snakefile="你的Snakefile路径")
  wf.include("你的Snakefile路径")
  for rule in wf.rules:
      if rule.name == "目标rule名称":
          print(rule.shellcmd)
  

内容的提问来源于stack exchange，提问作者ManJi