设置_R_CHECK_DEPENDS_ONLY_=true时R包CRAN提交测试与vignette报错求助

问题背景 #

向CRAN重新提交R包RaMS时被退回，原因是测试执行（test_check("RaMS")）和vignette重建过程中，无法找到Suggests字段中列出的tidyverse、rmarkdown等包。本地复现确认是环境变量_R_CHECK_DEPENDS_ONLY_设为true导致的，将其设为false或移除则无报错。尽管文档说明该变量仅检查Depends/Imports中的包，但R 4.2.0后其行为扩展到了示例、测试和vignette，CRAN部分检查环境可能默认开启该变量，导致依赖Suggests包的测试和构建环节报错。

解决方法 #

以下几种方式可解决该问题：

• 明确告知CRAN检查需要Suggests依赖：在DESCRIPTION文件中添加Config/Needs/Check: Suggests配置项。这个设置会强制CRAN在执行检查时安装Suggests字段中的所有包，无论_R_CHECK_DEPENDS_ONLY_的取值如何，从根源上避免依赖缺失问题。
• 给测试添加条件跳过逻辑：在依赖Suggests包的测试代码开头，添加testthat::skip_if_not_installed("包名")语句。比如需要tidyverse的测试，开头加testthat::skip_if_not_installed("tidyverse")，这样当环境未安装该包时，测试会自动跳过而非报错。
• 调整vignette的执行逻辑：在vignette的R代码块开头，添加包存在性检查。例如使用eval = requireNamespace("tidyverse", quietly = TRUE)作为代码块选项，确保当依赖包未安装时不执行对应代码；或者在vignette开头用if (!requireNamespace("rmarkdown", quietly = TRUE)) { knitr::knit_exit() }提前终止构建，避免报错。
• 检查包内配置是否触发变量：排查包的.Rbuildignore、Makevars等配置文件，确认是否有意外设置_R_CHECK_DEPENDS_ONLY_=true的逻辑，若有则移除相关配置。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Dubukay