emmeans在函数外正常运行，函数内报错‘datin未找到’（作用域问题？）

复现代码如下：

testdat = data.frame(y=c(1,2,3,4,5,6),
                     x=c("A","A","A","B","B","B"),
                     id=c("X","X","Y","X","X","Y"))

test = function(datin){
  model=aov(y~x+Error(id), data = datin)
  print(summary(model))
  # 执行emm步骤时返回错误："Error in eval(cl) : object 'datin' not found"
  emm=emmeans::emmeans(model,~x)
  return(emm)
}

test(testdat)

# 此处无报错
model=aov(y~x+Error(id), data = testdat)
summary(model)
emm=emmeans::emmeans(model,~x)
emm

原因分析 #

在自定义函数内部用aov()结合Error()拟合模型时，模型对象的调用记录（model$call）会保留data = datin的变量引用，但datin是函数的局部变量，仅存在于函数的执行环境中。当emmeans试图根据模型调用获取数据时，默认会在全局环境查找datin，自然找不到该变量，因此抛出报错。

而在全局环境拟合模型时，testdat是全局变量，emmeans能直接定位到数据，所以运行正常。

解决方法 #

提供两种简单可行的方案：

方案1：调用emmeans时显式指定data参数

直接在emmeans()中传入函数的局部数据datin，避免它去查找变量引用：

test = function(datin){
  model=aov(y~x+Error(id), data = datin)
  print(summary(model))
  # 显式指定data参数
  emm=emmeans::emmeans(model,~x, data = datin)
  return(emm)
}

方案2：让模型在数据的环境中拟合

用with()函数将模型拟合过程包裹在datin的环境中，使模型调用记录直接包含数据内容，而非变量引用：

test = function(datin){
  # 用with在datin的环境中拟合模型
  model = with(datin, aov(y~x+Error(id)))
  print(summary(model))
  emm=emmeans::emmeans(model,~x)
  return(emm)
}

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Nicholas Root