如何使用gtsummary在均值行下方添加置信区间（CI）

要实现将均值置信区间（CI）作为单独行添加到均值(SD)行下方的效果，你可以使用gtsummary包的add_stat()函数，自定义计算CI并指定插入位置，替代默认生成列的add_ci()。以下是修改后的代码：

library(gtsummary)
library(tidyverse)

data %>%
  tbl_summary(
    by = Cohort,
    type = all_continuous() ~ "continuous2",
    include = c(`Total value 1`),
    statistic = all_continuous() ~ c("{mean} ({sd})", "{median} ({p25}, {p75})", "{min}, {max}"),
    missing = "no"
  ) %>%
  # 添加95%置信区间作为单独统计行
  add_stat(
    fns = all_continuous() ~ function(x) {
      # 计算均值的95%CI，可通过conf.level调整置信水平
      ci_result <- t.test(x, conf.level = 0.95)$conf.int
      glue::glue("{round(ci_result[1], 2)}, {round(ci_result[2], 2)}")
    },
    # 指定CI行插入到"Mean (SD)"行的下方
    location = ~ after_stat(row_type == "statistic", row_label == "Mean (SD)"),
    # 设置CI行的标签
    label = all_continuous() ~ "95% CI"
  ) %>%
  add_overall(last = TRUE) %>%
  bold_labels() %>%
  add_stat_label(label = all_continuous() ~ c("Mean (SD)", "Median (IQR)", "Min, Max")) %>%
  as_gt()

关键说明 #

• add_stat()函数允许自定义统计量并插入到指定位置，这里通过匿名函数调用t.test()计算均值的95%置信区间。
• 可通过修改round()的参数调整CI的小数位数，或在t.test()中设置conf.level更改置信水平（如0.90对应90%CI）。
• location参数精准控制CI行插入到均值行的下方，匹配目标表格的样式。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Shu Cao