R语言Sankey图异常：T1显示为节点而非阶段流向的修复求助

我想要创建一个展示不同阶段的Sankey图，使用了如下R代码：

# Load necessary libraries
library(networkD3)
library(dplyr)


# Group by clinical and pathologic stages, count the number of transitions
links <- d_filtered %>%
  count(cl_max_stage, p_max_stage_T1) %>%
  rename(source = cl_max_stage, target = p_max_stage_T1, value = n)

# Print the links to see the result
print(links)


# Step 2: Correct connection data frame for flows between stages
# Create a valid connection data frame, ensuring source and target match
links <- data.frame(
  source=c("Ta","Tis","T1"),  # Define sources
  target=c("T1","T1","T1"),   # Define corresponding targets
  value=c(48, 20, 285)              # Define flow values for each connection
)

# Step 3: Create a node data frame from the unique values of source and target
nodes <- data.frame(
  name=c(as.character(links$source), as.character(links$target)) %>% unique()
)

# Step 4: Reformat the links data to use ID indexes instead of stage names
links$IDsource <- match(links$source, nodes$name) - 1 
links$IDtarget <- match(links$target, nodes$name) - 1

# Step 5: Create the Sankey diagram
p <- sankeyNetwork(
  Links = links, Nodes = nodes,
  Source = "IDsource", Target = "IDtarget",
  Value = "value", NodeID = "name", 
  sinksRight = FALSE  # Controls the direction of the diagram
)

# Display the Sankey diagram
p

但输出结果里T1只显示成节点，没有Stage1到Stage2的流向；我试了ggplot2相关的Sankey图代码，还是遇到同样问题，该怎么解决？

问题核心是你提供的连接数据（links）里根本没定义T1到Stage2的流向关系，Sankey图只会根据给定的links绘制存在的连接，没写的连接不会自动生成。要显示Stage1到Stage2的流向，得修改links数据，添加对应的条目：

1. 补充Stage2节点及流向数据
   修改links数据，加入T1到Stage2的连接，同时更新nodes数据包含Stage2：

   # 补充T1到Stage2的流向数据
   links <- data.frame(
     source=c("Ta","Tis","T1", "T1"),  # 新增T1作为来源指向Stage2
     target=c("T1","T1","T1", "Stage2"),  # 新增Stage2作为目标节点
     value=c(48, 20, 100, 185)  # 拆分原T1的285，一部分留作自身循环（如果需要），一部分流向Stage2
   )
   
   # 重新生成节点数据，自动包含新增的Stage2
   nodes <- data.frame(
     name=c(as.character(links$source), as.character(links$target)) %>% unique()
   )
   
   # 重新匹配节点ID索引（networkD3要求索引从0开始）
   links$IDsource <- match(links$source, nodes$name) - 1 
   links$IDtarget <- match(links$target, nodes$name) - 1
   
   # 重新生成Sankey图
   p <- sankeyNetwork(
     Links = links, Nodes = nodes,
     Source = "IDsource", Target = "IDtarget",
     Value = "value", NodeID = "name", 
     sinksRight = FALSE
   )
   
   p
   

2. 重要提示

   • 不管用networkD3还是ggplot2的Sankey工具，流向都完全依赖数据中的source和target配对，没有的连接不会凭空出现。
   • 如果是从原始数据d_filtered统计生成links，先看print(links)的输出，确认里面有没有T1到Stage2的条目。如果没有，说明原始数据里就没有对应的阶段转换记录，要么补充原始数据，要么调整统计逻辑。
   • 要是不需要T1的自循环（即T1到T1的流向），可以把对应条目删掉，只保留T1到Stage2的连接。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者kathi