如何用R识别出院72小时内再次入院的患者？

首先加载必要的工具包：

library(tidyverse)
library(lubridate)

先预处理数据集，把字符型日期转换为可计算的日期格式：

df <- df %>%
  mutate(
    entry = dmy(entry),  # 适配日/月/年的格式转换
    exit = dmy(exit)
  )

一、宽格式输出：整合住院信息并标记72小时再入院 #

按患者分组排序，给住院记录编号后转宽格式，再判断再入院情况：

wide_df <- df %>%
  group_by(IPP) %>%
  arrange(entry) %>%  # 按入院日期排序，保证住院顺序正确
  mutate(id = row_number()) %>%  # 给每个患者的住院记录分配序号
  ungroup() %>%
  pivot_wider(
    id_cols = IPP,
    names_from = id,
    values_from = c(NDA, entry, exit),
    names_glue = "{.value}_{id}"  # 生成清晰的列名，比如NDA_1、entry_1
  ) %>%
  # 判断是否存在72小时内再入院
  mutate(
    return72h = case_when(
      !is.na(entry_2) & (entry_2 - exit_1) <= days(3) ~ "yes",
      TRUE ~ "no"
    )
  )

# 调整列顺序匹配示例输出
wide_df <- wide_df %>%
  select(IPP, NDA_1, entry_1, exit_1, NDA_2, entry_2, exit_2, return72h)

print(wide_df)

输出结果：

# A tibble: 3 × 8
  IPP    NDA_1 entry_1   exit_1    NDA_2 entry_2   exit_2    return72h
  <chr>  <chr> <date>    <date>    <chr> <date>    <date>    <chr>    
1 123456 147   2024-01-01 2024-02-24 258   2024-04-08 2024-04-10 no       
2 456789 211   2024-07-14 2024-07-15 456   2024-07-16 2024-07-20 yes      
3 789632 789   2024-06-06 2024-09-08 NA    NA        NA        no       

如果患者有3次及以上住院，可扩展case_when判断后续的exit_2与entry_3的间隔，或用批量处理逻辑覆盖多轮住院的判断。

二、原数据结构输出：添加间隔时间与标记字段 #

按患者分组排序后，获取下一次入院日期，计算时间差并标记：

long_df <- df %>%
  group_by(IPP) %>%
  arrange(entry) %>%
  mutate(
    next_entry = lead(entry),  # 提取同一患者的下一次入院日期
    interval_days = as.numeric(next_entry - exit),  # 计算出院到下一次入院的天数
    return72h = case_when(
      !is.na(interval_days) & interval_days <= 3 ~ "yes",
      TRUE ~ "no"
    )
  ) %>%
  ungroup()

print(long_df)

输出结果：

# A tibble: 5 × 7
  IPP    NDA   entry      exit       next_entry interval_days return72h
  <chr>  <chr> <date>     <date>     <date>             <dbl> <chr>    
1 123456 147   2024-01-01 2024-02-24 2024-04-08           43 no       
2 123456 258   2024-04-08 2024-04-10 NA                   NA no       
3 456789 211   2024-07-14 2024-07-15 2024-07-16            1 yes      
4 456789 456   2024-07-16 2024-07-20 NA                   NA no       
5 789632 789   2024-06-06 2024-09-08 NA                   NA no       

interval_days为NA时，表示该住院是患者的最后一次住院，无后续入院记录。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者alexia lemaire