Snakemake：script调用ln命令未改代码却触发重跑的原因咨询

核心原因是Snakemake默认用脚本内容的哈希值来判断规则是否需要重跑，而非仅依赖文件修改时间，而你的link.py执行ln -s的操作干扰了哈希计算的一致性：

• 当link.py创建软链接时，如果软链接的路径关联到脚本所在目录，或者脚本文件本身被软链接的创建/存在影响了读取逻辑，会导致Snakemake两次计算脚本哈希时得到不同结果，误判为“代码已更改”。
• 换成shell直接执行ln时，Snakemake追踪的是规则内的shell命令文本哈希，只要命令没改，哈希就稳定，不会触发重跑。
• 脚本里执行echo、cat这类命令时，没有修改或创建可能干扰脚本自身哈希计算的文件/链接，哈希值一致，自然不会误触发重跑。

--rerun-triggers mtime参数强制Snakemake只通过文件修改时间判断代码变化，因为你的脚本本身没修改，mtime不变，所以能绕过哈希计算的异常。另外Snakemake 8.x版本在处理涉及软链接的脚本哈希计算时，可能存在逻辑bug，导致这种误判场景出现。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者ManJi