R语言pheatmap自定义列注释颜色失效问题求助

问题背景 #

绘制基因表达数据热图时，尝试为列添加基因功能注释并自定义注释颜色，代码可正常运行，但列注释始终使用默认颜色，怀疑是颜色/基因功能矩阵维度或pheatmap读取注释的方式存在问题。

核心原因 #

1. 注释颜色列表键名不匹配：annotation_col传入的注释数据框gene_col中，注释列名称是gene_function，但自定义颜色列表gene_col_colors使用的键是group，两者无法对应，pheatmap因此无法识别自定义颜色， fallback到默认配色。
2. 分组名称维度问题：col_groups被转为数据框，直接用于命名颜色向量时可能出现维度不兼容，需转为向量格式。

修正方案 #

关键代码修正 #

将颜色列表的键名改为与gene_col的列名一致，并将分组名称转为向量：

# 提取唯一功能分组，转为向量格式
col_groups <- unique(name_function_matrix[,2])

# 自定义颜色列表，键名匹配annotation_col的列名gene_function
gene_col_colors <- list(gene_function = c("blue","green","cyan","gray","red"))

# 为颜色向量命名，对应功能分组
names(gene_col_colors$gene_function) <- col_groups

完整修正后的代码 #

library(dplyr, warn.conflicts = FALSE)
library(tidyverse)
library(pheatmap)
library(dendsort)
library(RColorBrewer)

Data <- read.table("PathToFile/Data.txt",sep="\t",header=TRUE, quote="", fill = TRUE)
row.names(Data) <- Data$gene
Data <- Data[, -1]

FilteredData = Data %>%
  filter(if_any(everything(), function(x) x <=-3 | x >=3))

transposedData = t(FilteredData)

sort_hclust <- function(...) as.hclust(dendsort(as.dendrogram(...)))

clrsp <- colorRampPalette(c("blue", "black", "yellow"))   
clrs <- clrsp(10) 
breaks1 <- seq(-10, 10, length.out = 10)

# 拆分基因名与功能注释
name_function_matrix <- str_split_fixed(colnames(transposedData), "_", 2)
gene_col <- data.frame(row.names = name_function_matrix[,1], gene_function = name_function_matrix[,2])
colnames(transposedData) <- rownames(gene_col)

# 提取唯一功能分组（转为向量）
col_groups <- unique(name_function_matrix[,2])

# 构建匹配的自定义颜色列表
gene_col_colors <- list(gene_function = c("blue","green","cyan","gray","red"))
names(gene_col_colors$gene_function) <- col_groups

print(gene_col_colors)

pheatmap(transposedData, 
         clustering_distance_rows = "correlation",
         clustering_distance_cols = "euclidean",
         cluster_rows = TRUE,                       
         cluster_cols = TRUE, 
         annotation_col = gene_col,
         annotation_colors  = gene_col_colors,
         clustering_method = "centroid",
         show_rownames = TRUE, 
         show_colnames = FALSE,
         scale = "none",
         color = clrs,
         breaks = breaks1,
         cellwidth = 0.2,
         cellheight = 10,
         fontsize = 5,
         fontsize_row = 5,
         fontsize_col = 3,
         treeheight_col = 0,
         treeheight_row = 20,
         filename = "PathToFile/imageX.png")

验证说明 #

修正后，annotation_colors中的键名gene_function与annotation_col数据框的列名完全匹配，同时分组名称以向量格式传入，确保颜色与功能注释一一对应，pheatmap将正确应用自定义颜色。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者timnick23