R语言线性趋势与置信区间绘图纵轴出现负值问题求助

问题重现代码 #

ggplot(correlation, aes(x=area_ha, y=extent_2000_ha)) 
+ geom_point( color="green") + theme_ipsum() 
+ theme(text=element_text(family="Times New Roman", size=14)) 
+ scale_y_continuous(labels=function(n){format(n, scientific = FALSE)})
+ scale_y_continuous(labels=scales::comma)
+ geom_smooth(method=lm, color="red", se=FALSE) 

问题说明 #

使用上述代码绘制图表时，添加线性趋势线及置信区间后，纵轴出现了负值（如-200000），但所有原始数据的extent_2000_ha值均为正值。

原因分析 #

1. 代码中重复调用scale_y_continuous，后一次调用会覆盖前一次设置，导致轴范围控制逻辑混乱。
2. ggplot2默认会扩展坐标轴范围以包含所有绘图元素，包括线性回归的置信区间或趋势线延伸部分，当回归模型的预测区间向下延伸至负值时，纵轴就会显示负值。

修正方案 #

方案1：合并轴设置并限制纵轴下限为0 #

将重复的scale_y_continuous合并，同时强制纵轴从0开始：

ggplot(correlation, aes(x=area_ha, y=extent_2000_ha)) 
+ geom_point(color="green") 
+ theme_ipsum() 
+ theme(text=element_text(family="Times New Roman", size=14)) 
+ scale_y_continuous(
    labels=scales::comma,  # 保留逗号格式的数值标签
    limits=c(0, NA),       # 纵轴下限设为0，上限自动适配数据最大值
    expand=expansion(mult=c(0, 0.05))  # 可选：让顶部留有少量空白，避免数据点紧贴坐标轴
  )
+ geom_smooth(method=lm, color="red", se=TRUE)  # 开启置信区间显示

方案2：视觉裁剪坐标轴（不影响回归计算） #

如果需要保留完整的回归模型计算，仅通过视觉方式隐藏负值区间，可使用coord_cartesian进行裁剪：

ggplot(correlation, aes(x=area_ha, y=extent_2000_ha)) 
+ geom_point(color="green") 
+ theme_ipsum() 
+ theme(text=element_text(family="Times New Roman", size=14)) 
+ scale_y_continuous(labels=scales::comma)
+ geom_smooth(method=lm, color="red", se=TRUE)
+ coord_cartesian(ylim=c(0, NA))  # 仅视觉上限制纵轴下限为0

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Ana-Maria