使用terra绘制物种栅格：如何区分背景0值与栅格内真实0值

你的核心问题是地图外的背景值被识别为0，与栅格范围内的真实0值混淆。下面是修改后的代码，通过先分离背景0和真实0，再分类绘图，实现两者的区分：

# 加载所需包
library(terra)

# 读取栅格数据
raster_data <- rast("pollinator.tif")

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# 关键步骤：区分背景0与真实0
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# 这里需要根据你的数据实际情况调整：
# 示例1：如果知道研究区的空间范围，将范围外的0转为NA
# 替换成你实际的研究区边界坐标
study_ext <- ext(11.0, 11.5, 47.0, 47.5) 
# 裁剪到研究区，范围外的像素自动设为NA
raster_data <- crop(raster_data, study_ext)

# 示例2：如果没有明确范围，可通过其他mask图层标记有效区域（比如从矢量文件转栅格）
# mask_vector <- vect("study_area.shp")
# raster_mask <- rasterize(mask_vector, raster_data)
# raster_data <- mask(raster_data, raster_mask)

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# 对真实值（含真实0）进行分类
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# 定义分类断点：将真实0单独作为一类，后续区间对应原分类
breaks <- c(-Inf, 0, 0.006, 0.012, 0.018, 0.024, 0.03, Inf)
# 分类规则：NA保持不变，真实0→1，0.000-0.006→2，以此类推
categorized_raster <- classify(raster_data, rcl = cbind(breaks[-length(breaks)], breaks[-1], c(1, 2, 3, 4, 5, 6)))

# 将背景NA标记为独立值-1
background_value <- -1
categorized_raster[is.na(categorized_raster)] <- background_value

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# 定义对应颜色
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# 顺序：背景(-1)→白色，真实0(1)→浅灰，后续分类对应原配色
colors <- c("white", "#f0f0f0", "#fde725", "#5ec962", "#21918c", "#3b528b", "#440154")

# 绘图
plot(categorized_raster, col = colors, 
     main = "传粉者丰度（Andrena strohmella，春季）",
     xlab = "经度", ylab = "纬度", axes = TRUE, legend = TRUE)

代码说明 #

1. 分离背景与真实值：通过裁剪到研究区或mask图层，将地图外的背景0转为NA，与栅格内的真实0值彻底区分。
2. 分类规则调整：新增真实0的专属分类，确保它不会和背景值混为一谈。
3. 颜色映射：给背景、真实0、各丰度区间分配不同颜色，直观区分各类值。

栅格绘图示例：

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Sibylle Stöckli